Το Αρχαιολογικό Μουσείο Χανίων ιδρύθηκε το 1963 και βρίσκεται στο σημείο όπου βρισκόταν παλιά το Βενετσιάνικο μοναστήρι του Αγίου Φραγκίσκου στην οδό Χάληδων στην πόλη των Χανίων. Η συλλογή του Μουσείου περιλαμβάνει ευρήματα από ανασκαφές σε διάφορες περιοχές της πόλης που έγιναν κατά τη διάρκεια των τελευταίων 50 χρόνων ενώ τα εκθέματά του δίνουν μία διαχρονική εικόνα της πολιτισμικής ιστορίας του Νομού Χανίων από τη νεολιθική εποχή έως και τα χρόνια της ρωμαιοκρατίας.
Στο ανατολικό τμήμα εκτίθενται ευρήματα της ύστερης νεολιθικής εποχής και της χαλκοκρατίας (μινωικοί χρόνοι). Στο δυτικό τμήμα εκτίθενται αρχαιότητες της εποχής του σιδήρου (ιστορικοί χρόνοι). Τα ευρήματα παρουσιάζονται κατά ανασκαφικά σύνολα και κατά θεματικές ενότητες.
Στις συλλογές περιλαμβάνονται μινωικά ευρήματα από την πόλη των Χανίων, προϊστορικά ευρήματα από σπήλαια, μινωικά ευρήματα από διάφορες περιοχές του νομού, ευρήματα από τάφους της γεωμετρικής περιόδου, ευρήματα των ιστορικών χρόνων από την πόλη των Χανίων και από διάφορες άλλες πόλεις του νομού, νομίσματα, κοσμήματα (προϊστορικών και ιστορικών χρόνων), γλυπτά, επιγραφές, στήλες, ψηφιδωτά.
Το Μουσείο διαθέτει εργαστήρια συντήρησης κεραμικής, μεταλλικών αντικειμένων, νομισμάτων, τοιχογραφιών, ψηφιδωτών και χημικό εργαστήριο, ενώ για την εξυπηρέτηση των επισκεπτών υπάρχει εκθετήριο – πωλητήριο του Ταμείου Αρχαιολογικών Πόρων στο ειδικά διαμορφωμένο κωδωνοστάσιο δίπλα στην κύρια είσοδο.
Στο πλαίσιο του στόχου για προβολή της πολιτισμικής ιστορίας των Χανίων κατά τον καλύτερο δυνατό τρόπο, έτσι ώστε να αποτελεί πόλο έλξης πολλών επισκεπτών, το Αρχαιολογικό Μουσείο, διοργανώνει περιοδικές εκθέσεις, εκπαιδευτικά προγράμματα και διάφορες εκδηλώσεις πολιτισμού στο χώρο του καθ’ όλη τη διάρκεια του έτους.