Το Αρχαιολογικό Μουσείο του Αγίου Νικολάου είναι ένα σχετικά καινούργιο μουσείο, που εγκαινιάστηκε το 1970 με σκοπό να φιλοξενήσει τα αρχαιολογικά ευρήματα που βρέθηκαν στη ανατολική Κρήτη και καλύπτουν μια περίοδο από τη νεολιθική εποχή μέχρι τους ελληνορωμαϊκούς χρόνους. Φιλοξενεί περισσότερα από 1500 αγγεία, αρκετά χάλκινα και χρυσά αντικείμενα που θεωρούνται από τα αρχαιότερα στην Κρήτη, καθώς και ευρήματα από το πρωτομινωικό νεκροταφείο της Αγίας Φωτιάς. Διαθέτει οκτώ αίθουσες, διατεταγμένες σε σχήμα ορθογωνίου καθώς και εργαστήριο συντήρησης.
Ανάμεσα στα ευρήματα που υπάρχουν είναι το κρανίο αθλητή που είναι στεφανωμένο με χρυσό στεφάνι ελιάς και έχει στο στόμα του ένα ασημένιο νόμισμα της Πολυρρήνιας καθώς επίσης και το σπονδικό ειδώλιο «θεά του Μύρτους», ενώ ακόμη υπάρχουν κι άλλα ευρήματα από τη νεκρόπολη της Αγίας Φωτιάς, το Μύρτος, τα Μάλια.