Το Μουσείο άνοιξε τον Σεπτέμβρη του 2008 και στεγάζεται πάνω από το λιμάνι του Αδάμαντα, στο κτίριο της παλιάς Κοινότητας του νησιού.
Δημιουργήθηκε από τις προσπάθειες του γιατρού Πέτρου Αρμένη να συγκεντρώσει πλήθος εκθεμάτων σχετικών με τη ναυτική δραστηριότητα στη Μήλο. Τα εκθέματα ξεκινούν από την προϊστορική εποχή, με εργαλεία από οψιδιανό, προχωρούν στην ναυμαχία της Σαλαμίνας και καταλήγουν στα νεότερα χρόνια.
Στο Ναυτικό Μουσείο έχετε την ευκαιρία να δείτε επίσης σπάνιους χάρτες, από τα χέρια ειδικών χαρτογράφων, και τη φημισμένη ξυλόβαρκα «Ειρήνη».
