Η Αρχαιολογική Συλλογή μέχρι το 1971 περιλάμβανε ελάχιστα μόνο αντικείμενα, αποθηκευμένα σε διαφορετικούς δημόσιους χώρους του νησιού, όλα προερχόμενα από την Αμοργό. Από το 1972 όμως, η συστηματική αρχαιολογική εξερεύνηση του νησιού και οι δωρεές των κατοίκων εμπλούτισαν σημαντικά τη συλλογή με ανασκαφικά και τυχαία ευρήματα, τα σημαντικότερα από τα οποία εκτίθενται σήμερα στους χώρους της Σάλας ή Πύργου Γαβρά.
Πρόκειται για διώροφο κτήριο, τμήμα ενός ευρύτερου οικοδομικού συγκροτήματος, στο οποίο ανήκε και η σημερινή κατοικία στα ανατολικά, καθώς επίσης και ο παρακείμενος µονόχωρος Ναός της Ζωοδόχου Πηγής, που µε βάση τις σωζόµενες επιγραφικές μαρτυρίες ήταν σε χρήση πριν από τον 17ο αι.
Στον όροφο, το ανώι, δεσπόζει η ψηλοτάβανη αίθουσα υποδοχής µε τα μικρά τοξωτά παράθυρα, γνωστή ως Σάλα του Γαβρά. Εδώ δόθηκε χορός προς τιμήν του βασιλικού ζεύγους του νεοσύστατου Ελληνικού κράτους, Όθωνος και Αμαλίας, κατά την επίσκεψή τους στο νησί. Σήμερα, στη Σάλα εκτίθεται κυρίως γλυπτική από την Αρχαϊκή (6ος π.Χ. αι.) έως και τη Ρωμαϊκή περίοδο (3ος μ.Χ. αι.). Πρόκειται κυρίως για επιφανειακά ευρήματα από τις τρεις αρχαίες πόλεις της Αμοργού, Αιγιάλη, Αρκεσίνη και Μινώα καθώς και από άλλες θέσεις. Στις προθήκες της σάλας εκτίθεται κεραμική καθώς και ευρήματα μικροτεχνίας από χαλκό, χρυσό, ελεφαντοστό και ύαλο, χρονολογούμενα από τον 8ο π.Χ. έως τον 4ο μ.Χ. αι., πολλά εκ των οποίων προέρχονται από την ανασκαφή της Μινώας (1981-1991).