Στο Κάτω Κουφονήσι πολύ κοντά στον παλαιό οικισμό υπάρχουν ίχνη βυζαντινής εκκλησίας.
Το 1651 οι κάτοικοι αποφασίζουν την ανέγερση νέου ναού αφιερωμένου στην Παναγία.
Το εγχείρημα ήταν ριψοκίνδυνο καθώς η περιοχή ήταν υπό την κυριαρχία των Τούρκων μουσουλμάνων που απαγόρευαν τις χριστιανικές εκδηλώσεις. Κατά συνέπεια οι κάτοικοι έκτισαν το εκκλησάκι σκάβοντας βαθιά μέσα στην γη, ώστε να είναι ημιορατό από την θάλασσα μη προκαλώντας τον έλεγχο των Τούρκων.
Panagias Churhc
Την δεκαετία του 1970 ο Δημήτρης Νομικός παραχώρησε 60 εκ. γης γύρω από το εκκλησάκι ώστε να δημιουργηθεί υδροσυλλέκτης για τα νερά της βροχής αποφεύγοντας να πλημυρίζει η αυλή και η εκκλησία.
Την προσπάθεια ανέλαβαν ο παπά Στάθης και οι Μιχάλης και Μαρία Μαύρου.
Έσκαψαν με γκασμά και φτυάρι 3 μέτρα γύρω από την επιφάνεια της αυλής εμφανίζοντας έτσι το εκκλησάκι και δημιουργώντας αρκετό χώρο για τους πιστούς.
Στην ερώτηση που έθεσε ο Δημήτρης Νομικός στον παπά Στάθη, ‘…γιατί με παράκουσες’, έλαβε την απάντηση ‘…αυτό μου ζήτησε η Παναγία… αυτό έκανα…’.
Κατόπιν ο Μανώλης Μαύρος (Μανωλέας) έστρωσε την αυλή με οπλισμένο σκυρόδεμα.
Το 1990 ο Δημήτρης Νομικός παραχώρησε άλλο ένα κομμάτι γη ώστε να δημιουργηθεί ένας ημιυπαίθριος χώρος και τουαλέτες. Συντηρήθηκε η εκκλησία και υψώθηκε καμπαναριό από τον μάστορα Βαγγέλη Πάσαρη.
Panagias Churhc
Κάθε χρόνο στις 15 Αυγούστου τιμάτε η Κοίμηση της Υπεραγίας Θεοτόκου Μαρίας στο εκκλησάκι στο Κάτω Κουφονήσι.
Το πρωί της 15ης Αυγούστου τα καΐκια από το Πάνω Κουφονήσι μεταφέρουν, δωρεάν, τους πιστούς στην γιορτή στο Κάτω Κουφονήσι.
Είναι η μόνη ημέρα του χρόνου όπου το μικρό οχηματαγωγό ‘Σκοπελίτης’, που εξυπηρετεί την γραμμή των Μικρών Κυκλάδων, παρεκκλίνει της πορείας του για να δέσει στον μικρό μόλο, έξω από την εκκλησία της Παναγίας.
Αρχικά μετά την θεία λειτουργία μοίραζαν στους παρευρισκόμενους τυρί και σύκα προσφορά από τους Κουφονησιώτες. Αργότερα οι οικογένειες συγκέντρωναν και μοίραζαν τυρί, ελιές, κεφτέδες, φρούτα, γλυκά, νερό και αναψυκτικά.
Μετά το πέρας της γιορτής τα καΐκια μεταφέρουν τους παρευρισκόμενους στο Κουφονήσι, παίζοντας μεταξύ τους, δημιουργώντας μία ευχάριστη ατμόσφαιρα.