Ο αρχαιολογικός χώρος στη θέση Μάντρα Δεσποτικού ανασκάπτεται συστηματικά από το 2001 και μέχρι σήμερα οι συνεχιζόμενες έρευνες έχουν φέρει στο φως ένα εκτεταμένο ιερό αφιερωμένο στον Απόλλωνα, η υπάρξη του οποίου ήταν άγνωστη από επιγραφικές ή άλλες φιλολογικές πηγές της αρχαιότητας. Η ακμή του χρονολογείται στον 6ο αι.π.Χ., αλλά σύμφωνα με τις πρόσφατες έρευνες τα πρωιμότερα ίχνη λατρείας ανάγονται στον 8ο αι.π.Χ. Μέχρι σήμερα έχουν αποκαλυφθεί 12 κτίρια, μεταξύ των οποίων ο αρχαϊκός ναός και το εστιατόριο. Εκτός από τον Απόλλωνα, στο ιερό συλλατρευόταν η Εστία και πιθανότατα και η Άρτεμη. Τα ευρήματα από το ιερό μαρτυρούν τον πλούτο του και τις επαφές τους με την Ηπειρωτική Ελλάδα και την Ανατολή: μαρμάρινοι κούροι και κόρες, περίτεχνα αγγεία, ελεφαντοστείνα αντικείμενα, κοσμήματα, ειδώλια κ.α. Η αποκάλυψη του ιερού άλλαξε ριζικά το λατρευτικό τοπίο των γεωμετρικών και αρχαϊκών Κυκλάδων, αφού το πρόκειται για το μεγαλύτερο σε έκταση ιερό μετά από αυτό της Δήλου.
Παρόλο που το Δεσποτικό δεν έχει ακόμα ενταχθεί σε κάποιο κοινοτικό συγχρηματοδοτούμενο πρόγραμμα, η επιστημονική ομάδα της ανασκαφής με επικεφαλής τον αρχαιολόγο Γιάννο Κουράγιο (ΚΑ΄ΕΠΚΑ) έχει ήδη προχωρήσει στην εκπόνηση μελέτης συντήρησης και αποκατάστασης των αρχιτεκτονικών καταλοίπων, μελέτης αναστήλωσης του αρχαϊκού ναού και εστιατορίου και ήδη έχει ξεκινήσει την εφαρμογή της α’ φάσης της αναστήλωσης. Η ολοκλήρωσή της είναι επιτακτική ανάγκη και για την προστασία του μνημείου, αλλά και για διδακτικούς σκοπούς, αφού πρόκειται για ένα από τα καλύτερα σωζόμενα αρχαϊκά ιερά στις Κυκλάδες.
Πέραν της ιστορικής και αρχαιολογκής σημασίας του, ο αρχαιολογικός χώρος στο Δεσποτικό παρουσιάζει ένα μοναδικό συγκριτικό πλεονέκτημα προς άλλους αρχαιολογικούς χώρους: βρίσκεται σε ακατοίκητο νησί που προστατεύεται από την αρχαιολογική και περιβαλλοντική νομοθεσία, βρίσκεται κοντά σε οικιστικό πηρύνα (Αι-Γιώργης Αντιπάρου), επόμενως η πρόσβαση σε αυτό είναι εύκολη και πάνω στο νησί εντοπίζονται αρχαιότητες από όλες τις περιόδους. Οι παραπάνω παράμετροι καθιστούν το χώρο ιδανικό για την ανάδειξη και διαμόρφωσή του σε οργανωμένο αρχαιολογικό χώρο, ένα είδος πρότυπου αρχαιολογικού πάρκου.