Η εκκλησία Κοίμηση της Θεοτόκου ή Παναγιά του Κονόμου όπως είναι γνωστή στο νησί, είναι χτισμένη το 17ο αιώνα και βρίσκεται στα δυτικά του Κάστρου. Είναι μονόκλιτη με τρούλο και το τέμπλο έχει γραπτή διακόσμηση, ξυλόγλυπτα βημόθυρα και η εικόνα της Κοιμήσεως της Θεοτόκου είναι έργο του 16ου αιώνα. Στο ναό υπάρχουν εικόνες κρητικής τέχνης και έργα του Δευτερεύοντος Σίφνου. Ο Δεσποτικός θρόνος προέρχεται από τον παλαιό ναό της Οδηγήτριας του 17ου αιώνας. Στον περίβολο υπάρχει θολωτός τάφος όπου ενταφιάστηκαν (τελευταία ταφή το 1894) οι εφημέριοι κτήτορές του. Η Κοίμηση της Θεοτόκου ή Παναγιά του Κονόμου θεωρείται μνημείο ιδιαίτερης αρχαιολογικής και ιστορικής αξίας και προστατεύεται από το Υπουργείο Πολιτισμού. Η μνήμη της τιμάται στις 15 Αυγούστου.
