Το Μουσείο Εθνικής Αντίστασης στεγάζεται στο κτίριο των παλαιών φυλακών Λάρισας (παλιά πυριτιδαποθήκη) που βρίσκεται στην οδό Ιουστινιανού και συγκεκριμένα στον αύλειο χώρο του 5ου Γυμνασίου-Λυκειου. Είναι κτίσμα του 18ου αιώνα και χαρακτηρισμένο ιστορικό – διατηρητέο μνημείο, σύμφωνα με απόφαση του υπουργείου Πολιτισμού.