Η Αλυκή της Νάξου είναι ο μεγαλύτερος και σημαντικότερος παράκτιος υγρότοπος των Κυκλάδων, τόσο από άποψη βιοποικιλότητας, όσο και από την σπανιότητα των πτηνών που βρίσκουν προσωρινό ή μόνιμο καταφύγιο στα νερά του. Πρόκειται για μία μεγάλη για νησί λιμνοθάλασσα που βρίσκεται μόλις 2,5 χλμ. νοτιότερα της Χώρας της Νάξου. Ιστορικά η λιμνοθάλασσα λειτουργούσε ως αλυκή για πολλούς αιώνες, ενώ παλαιότερα ονομαζόταν και «ταλιάνι» που σήμαινε ιχθυοτροφείο στα τούρκικα και μέχρι πριν τον πόλεμο, όταν το ιχθυοτροφείο στην Αλυκή έκλεισε, υπήρξε ξακουστό στα νησιά για την μεγάλη του παραγωγή σε αλιεύματα. Η Αλυκή αποτελεί ένα σύμπλεγμα διαφορετικών οικοτόπων που απλώνεται σε μια έκταση 950 στρεμμάτων, από τα οποία τα 800 καλύπτουν την λιμνοθάλασσα και τα υπόλοιπα 150 τις περιφερειακές περιοχές που επηρεάζονται από αυτήν. Βρίσκεται στο τέλος του όρμου του Αγίου Γεωργίου και συνορεύει στα δυτικά με τον λόφο Στελλίδα και το ακρωτήριο Μουγκρί. Η θαλάσσια περιοχή στα βόρεια της ονομάζεται Λαγκούνα και χαρακτηρίζεται από την παρουσία της νησίδας Μαντώ που πλέον έχει μετατραπεί σε τόμπολο, αλλά και των βραχονησίδων Κλεφτονήσια. Στα ανατολικά της έχει κατασκευαστεί το αεροδρόμιο της Νάξου και στα νότια της ξεκινάει ο κάμπος Λιβάδι και τα χωράφια με τις καλλιέργειες. Στα νοτιοδυτικά της και σε απόσταση μόλις 650 μέτρων βρίσκονται οι τρεις εποχικοί υγρότοποι του Αγίου Προκοπίου. Η Αλυκή της Νάξου παραμένει ένας υπέροχος υγρότοπος που συνδυάζει την παρουσία αρκετών διαφορετικών βιοτόπων. Χαρακτηρίζεται από μία μεγάλη αβαθή έκταση υφάλμυρων νερών, μικρούς κολπίσκους με υφάλους, ρηχές εκβολές δίπλα σε αμμοθίνες, αλίπεδα με αλμυρίθρες, αμμώδεις παραλίες και λουρονησίδες, έλη με καλαμιές και βούρλα, εποχικά ρυάκια με νερό και βράχια με θαλασσόκεδρα. Παλαιότερα η Αλυκή ήταν ένας ενιαίος υγρότοπος που επικοινωνούσε ελεύθερα με τη θάλασσα, όμως αργότερα κτίστηκε ένα τεχνητό ανάχωμα που έκλεισε τα νερά και πλέον σήμερα μόνο μία τάφρος συνδέει τα γλυκά νερά με την θάλασσα. Το 1985 η Αλυκή κόπηκε σχεδόν στα δύο για να κατασκευαστεί το αεροδρόμιο της Νάξου, παρότι παλαιότερα είχαν γίνει τα πρώτα έργα για ένα αεροδρόμιο, πιο βόρεια και ηπειρωτικά, στο Σαγκρί. Έτσι ο υγρότοπος με τα χρόνια έχασε την παρθένα φυσιογνωμία του. Σήμερα η επικοινωνία με την θάλασσα είναι περιορισμένη με αποτέλεσμα ο κύριος όγκος των νερών να αποτελείται από τα εποχικά όμβρια νερά του όρους Ζα. Έτσι η λιμνοθάλασσα σχεδόν αδειάζει από νερά μεταξύ Αυγούστου και Οκτωβρίου, κάτι που δεν συνέβαινε στο παρελθόν. Παρόλα αυτά, η Αλυκή της Νάξου εξακολουθεί να ξεχωρίζει ως ο σημαντικότερος υγρότοπος των Κυκλάδων, λόγω της μεγάλης βιολογικής ποικιλότητας, αλλά και της γενικότερης περιβαλλοντικής, αισθητικής και επιστημονικής της σημασίας.
Η βλάστηση αποτελείται από μια ποικιλία ειδών. Υδρόφιλα, αλόφιλα και αμμόφιλα φυτά, δασάκια από αρμυρίκια, θίνες, μακία με θάμνους, θαμνοκυπάρισσα και σχίνα εναλλάσσονται αρμονικά. Στα νερά και στις όχθες αναπτύσσονται βούρλα, αγριοκαλαμιές, ψαθιά και λυγαριές, ενώ στους γύρω λόφους ξεχωρίζουν με την παρουσία τους τα μεγάλα θαλασσόκεδρα (Juniperus macrocarpa). Σημαντική είναι η παρουσία από λιβάδια ποσειδωνίας στην θαλάσσια περιοχή βόρεια της λιμνοθάλασσας. Στην γύρω περιοχή έχουν καταγραφεί περίπου 80 είδη φυτών. Από αυτά ξεχωρίζουν το σπάνιο υδρόφιλο Althenia filiformis subsp orientalis που περιλαμβάνεται στο Κόκκινο Βιβλίο και το ενδημικό αμάραντο Limonium hirsuticalyx. Σημαντικά φυτά της περιοχής είναι η Cressa cretica, η Calystegia soldanella, το Asplenium obovatum, η Anthemis rigida subsp rigida, ο Enarthrocarpus arcuatus, η σιληνή Silene sartorii, η Paronychia argentea, η Malcolmia nana, το Arthrocnemum macrostachyum, το Medicago ciliaris, το Muscari cycladicum, ο Juncus littoralis, το αμάραντο Limonium aegaeum, ο Ranunculus peltatus subsp peltatus και η Ruppia cirrhosa. Η βλάστηση συμπληρώνεται με είδη, όπως η Zannichellia palustris, το Halimione portulacoides, το Halocnemum strobilaceum, ο Bolboschoenus maritimus, ο Cyperus capitatus, ο Schoenoplectus litoralis, η Euphorbia paralias, το Triglochin barrelier, το Atriplex halimus, το Anogramma leptophylla, ο Astragalus boeticus, το Mesembryanthemum nodiflorum, το Equisetum ramosissimum, το κρινάκι της άμμου Pancratium maritimum, το Bupleurum semicompositum, το Crithmum maritimum, το Eryngium maritimum, η Pseudorlaya pumila, η Carlina corymbosa subsp graeca, το Cichorium spinosum, ο Echinops spinosissimus subsp spinosissimus, η Achillea maritima, η Anchusa undulata subsp hybrida, ο Myosotis litoralis, το Alyssum umbellatum, η Cakile maritima subsp maritima, η Malcolmia flexuosa subsp naxensis, η Salsola tragus και η κίτρινη παπαρούνα Glaucium flavum.