Σήμα κατατεθέν των Ματάλων αποτελούν οι αρχαίες λαξευμένες σπηλιές στο ύψωμα από λευκό πωρόλιθο το οποίο στέκεται επιβλητικά βόρεια της παραλίας.
Από την αρχαιότητα η περιοχή των Ματάλων είχε τραβήξει τη προσοχή του ανθρώπου. Ο φυσικός κόλπος που σχηματίζεται από τους βράχους που ξεπροβάλλουν μέσα από τη θάλασσα και η ευνοϊκή θέση τους στο τέλος μιας κοιλάδας που εκτείνεται από το εσωτερικό της ενδοχώρας θεωρήθηκαν ιδανικά από τους αρχαίους Μινωιτές ώστε να εκμεταλλευτούν τα Μάταλα ως το λιμάνι που θα εξυπηρετούσε το κοντινό ανάκτορο της Φαιστού. Αργότερα με την είσοδο των Ρωμαίων στο νησί θα εξυπηρετήσουν για ακόμα μια φορά τις ναυτιλιακές ανάγκες αυτή τη φορά της πόλης της Γόρτυνας.
Η ακριβής χρονολογία και χρήση των σπηλαίων δεν είναι εξακριβωμένη όμως εικάζεται από τους αρχαιολόγους ότι δημιουργήθηκαν για ταφικούς σκοπούς τη ρωμαϊκή ή την πρώιμη χριστιανική περίοδο. Ωστόσο έχουν βρεθεί σπηλιές με έντονα τα χαρακτηριστικά κατοίκισης με ανάλογα διαμορφωμένους χώρους.
Ακόμα όμως πιο πρόσφατα, τη δεκαετία του 60’, οι σπηλιές φιλοξένησαν το κίνημα των χίπις. Παιδιά των λουλουδιών από όλο το κόσμο βρήκαν εδώ την ελευθερία και την επαφή με τη φύση, ιδανικά του κινήματος τους, δίνοντας στο μέρος ξανά ζωή και κάνοντας τα Μάταλα γνωστά σε όλο το κόσμο.