Οι συλλογές του Αρχαιολογικού Μουσείου Ιωαννίνων αναπτύσσονται σε επτά αίθουσες, τον κεντρικό διάδρομο και τρία αίθρια, σε συνολική επιφάνεια 1.200 τμ. Τα εκθέματα καλύπτουν μια μεγάλη χρονική περίοδο, από την πρώτη εμφάνιση του ανθρώπου στην Ήπειρο, κατά την Κατώτερη Παλαιολιθική εποχή πριν από 250.000 χρόνια, έως και τη δύση της όψιμης αρχαιότητας κατά τους ύστερους ρωμαϊκούς χρόνους (3ος αι. μ.Χ.). Ιδιαίτερη έμφαση δίνεται στα ευρήματα από το ιερό της Δωδώνης τα οποία εκτίθενται σε μια αίθουσα αφιερωμένη αποκλειστικά σε ένα από τα σπουδαιότερα μαντεία του ελληνικού κόσμου.
Η νέα μόνιμη έκθεση διατηρεί την πανηπειρωτική διάσταση της παλαιάς, όπως την είχε, δηλαδή, εμπνευστεί η πρώτη Διευθύντρια του ΑΜΙ Ιουλία Βοκοτοπούλου. Περιλαμβάνει περίπου 3.000 αρχαιολογικά ευρήματα από όλη την Ήπειρο. Η διάρθρωσή της βασίζεται σε τρεις άξονες: ένα χρονολογικό, ένα γεωγραφικό και ένα θεματικό. Συμπλεκόμενοι οι άξονες αυτοί διατρέχουν τη μουσειολογική ροή επιχειρώντας να αναδείξουν την ιδιαίτερη φυσιογνωμία και πορεία της περιοχής κατά την αρχαιότητα.
