Στα διοικητικά όρια της πρώην κοινότητας Βαρυπέτρου και συγκεκριμένα σε απόσταση 1,8 χλμ. ανατολικά-νοτιοανατολικά του ομώνυμου οικισμού και 7 περίπου χλμ. νότια-νοτιοδυτικά της πόλεως των Χανίων, βρίσκεται ένας μεγάλος, επιμήκης και βραχώδης λόφος, με υψόμετρο περί τα 380μ., που αποτελεί μια σημαντικότατη αρχαιολογική περιοχή. Σε πολύ κοντινή απόσταση βρίσκεται το νεότερο μοναστήρι της Μεταμόρφωσης του Χριστού στον Κάστελο.
Στο λόφο αυτό βρίσκονται, εκτός από την τειχισμένη ακρόπολη, τον Κάστελο (ή Καστέλι) όπως λέγεται – που εντοπίζεται στο ανώτερο τμήμα του κι αποτελεί τον κυρίως αρχαιολογικό χώρο – ένα εκτεταμένο νεκροταφείο με ταφές σε πίθους και αρκετές σπηλιές, που σε κάποιες εντοπίστηκαν ίχνη ανθρώπινης παρουσίας από τη νεολιθική και μινωική εποχή. Ο χώρος της ακρόπολης, αναπτύσσεται στη βορειοανατολική πλαγιά του λόφου μεταξύ του υψομέτρου των 280μ. και της κορυφής του (υψ. 380μ. περίπου), είναι διαμορφωμένος σε αναβαθμούς (πεζούλες) και καταλαμβάνει την έκταση μιας περιοχής 62 περίπου στρεμμάτων, που οριοθετείται σχεδόν στο σύνολό της από τους απόκρημνους βράχους.
Τα τείχη της ακρόπολης, τμήματα των οποίων σώζονται σήμερα σε αρκετό ύψος, ανήκουν στη βυζαντινή περίοδο κι ενσωματώνουν, όπως φαίνεται, σε κάποια σημεία στο κατώτερο τμήμα τους, τα υπολείμματα αρχαιότερης οχύρωσης. Έφραζαν τα προσπελάσιμα σημεία και συμπλήρωναν, όπου ήταν αναγκαίο, τη φυσική οχύρωση των απόκρημνων βράχων. Έχουν αρκετό πάχος και είναι ενισχυμένα με πύργους διαφόρων σχημάτων. Τα καλύτερα διατηρούμενα τμήματά τους βρίσκονται στο δυτικό μέρος της βόρειας πλευράς – όπου εκτός από το κυρίως τείχος, υπάρχει και μικρής έκτασης προτείχισμα με πύργους – και στα νότια, στη βραχώδη επιμήκη κορυφή, όπου σώζονται κυρίως οι πύργοι και τα ερείπια μακρόστενου θολοσκέπαστου κτιρίου, πιθανόν βίγλας. Στα υπόλοιπα σημεία τα τείχη είτε είναι κατεστραμμένα σε μεγάλο βαθμό, είτε υποκαθίστανται από τους απόκρημνους βράχους (κυρίως στη δυτική πλευρά).
Στο χώρο εντός του οχυρωματικού περιβόλου, αλλά και γύρω από αυτόν, παρατηρούνται άφθονα κινητά και ακίνητα κατάλοιπα του παρελθόντος (κεραμικά όστρακα διαφόρων εποχών, γωνιόλιθοι,τοίχοι κτηρίων, δεξαμενές, λαξευτά υπολείμματα δωματίων, τάφοι, τεμάχια ταφικών πίθων κ.α.).
Μερικοί μελετητές στο παρελθόν ταύτισαν τον Κάστελο με την αρχαία Κυδωνία, και τελευταία ο Χανιώτης ιατρός Μανώλης Βαρδινογιάννης, με την ακρόπολή της. Ο παραπάνω μάλιστα, για να επικυρώσει και με αρχαιολογικά ευρήματα τη θεωρία του, που παρουσίασε το 1966 στο Β΄ Διεθνές Κρητολογικό Συνέδριο (βλ. Πεπραγμένα, τόμ. Β΄, σ. 11-22), χρηματοδότησε το 1968 ανασκαφική έρευνα στο λόφο, η οποία συνεχίστηκε τα δυο επόμενα χρόνια (1969 και 1970), με χρήματα που εξασφάλισε η νεοσύστατη τότε Ιστορική και Αρχαιολογική Εταιρεία Δυτικής Κρήτης (σημερινή Ι.Λ.Α.Ε.Κ.). Την επίβλεψη των παραπάνω ανασκαφών είχε ο Αρχαιολόγος Γιάννης Τζεδάκις.