Το Scoglio de Muflo των Ενετών, δηλαδή το νησάκι απέναντι από το Μόχλος φαίνεται ότι αποτέλεσε πολύ σημαντικό εμπορικό κέντρο και λιμάνι κατά την αρχαιότητα ως και τους Βυζαντινούς χρόνους. Το νησί, που λέγεται και Ψύλλος (σε αντιδιαστολή με το μεγαλύτερο νησάκι Ψείρα στα δυτικά) αποτελεί αρχαιολογικό χώρο εδώ και πολλές δεκαετίες. Η ακμή του αρχαίου Μόχλους φαίνεται ότι διακόπηκε όταν το νησί αποκόπηκε από την στεριά. Πράγματι, παλαιότερα το νησί ήταν η άκρη μιας χερσονήσου, εκατέρωθεν της οποίας σχηματίζονταν δύο φυσικά λιμάνια. Άλλωστε, στη θαλάσσια περιοχή ανάμεσα στο νησί και τη στεριά, όπου το βάθος δεν ξεπερνά τα 2.5 μέτρα, έχουν βρεθεί ίχνη ρωμαϊκών κτισμάτων.
Το νησί κατοικήθηκε από το 3650πΧ και γνώρισε μεγάλη ακμή στην Μινωική εποχή, καθώς το φυσικό λιμάνι και η τριγύρω εύφορη πεδιάδα σε μια περιοχή με άγριες θάλασσες και άγρια βουνά, αποτέλεσε ισχυρό λόγο ανάπτυξης. Το Μόχλος εμπορευόταν οψιανό από τη Μήλο και πρώτες ύλες από την Ανατολή, με την οποία διατηρούσε στενές εμπορικές σχέσεις. Μάλιστα, παρόλο που ο οικισμός πιθανώς καταστράφηκε από την έκρηξη του ηφαιστείου της Θήρας, αμέσως ανακατασκευάστηκε. Κατά τους Ελληνορωμαϊκούς χρόνους, η Ιεράπυτνα είχε το Μόχλος υπό την κατοχή της και το οχύρωσε για να το προστατεύσει από τις εχθρικές επιδρομές. Το Μόχλος άντεξε ως τα Βυζαντινά χρόνια, όταν ακολούθησε τη μοίρα όλων των παραθαλάσσιων περιοχών της Κρήτης, που εγκαταλείφθηκαν λόγω των πειρατών.
Στο νησί βρέθηκαν πολλοί τάφοι από όλες τις περιόδους της Μινωικής Εποχής με σημαντικά ευρήματα, όπως σφραγίδες, χρυσά κοσμήματα, πήλινα αγγεία, αγγεία από στεατίτη, πελέκεις, ένα κουτί για τη φύλαξη κοσμημάτων με ένα σουγιά με μορφή σκύλου. Το πιο σημαντικό εύρημα ήταν το χρυσό δακτυλίδι που εκτίθεται στο Αρχαιολογικό Μουσείο Ηρακλείου, το οποιο παρίστανε μια γυμνή θεότητα γυμνή, καθισμένη σε ένα περίεργο πλοίο που μόλις είχε φύγει από ένα μικρό σπιτάκι της απέναντι βραχώδους ακτής, με τα χέρια σε στάση αποχαιρετισμού. Η πλώρη του πλοίου έχει σχήμα κεφαλής αλόγου και η πρύμνη ουράς ψαριού. Τέλος, βρέθηκε ολόκληρη περιοχή με παλιά εργαστήρια, η λεγόμενη «συνοικία των τεχνιτών», όπου κατασκευάζονταν χρυσά κοσμήματα, σφραγιδόλιθοι και λίθινα αγγεία.