Λίγα χρόνια μετά την ίδρυση του συνοικισμού της Νέας Αλικαρνασσού (ιδρύθηκε το 1925) και παρά τις εξαιρετικά δύσκολες βιοτικές συνθήκες που επικρατούσαν την εποχή εκείνη οι Αλικαρνασσείς επιθυμώντας να ενδυναμώσουν τη συλλογική συνείδηση και να συσφίξουν τους δεσμούς μεταξύ των κατοίκων του συνοικισμού ίδρυσαν το αθλητικό σωματείο << Ο Ηρόδοτος>>, προς τιμήν του Αρχαίου Ιστορικού Ηροδότου, με καταγωγή από την αρχαία πόλη της Μικράς Ασίας, την Αλικαρνασσό. Ο Ποδοσφαιρικός Αθλητικός Σύλλογος Αλικαρνασσού (Π.Α.Σ.Α.) «Ηρόδοτος» ιδρύθηκε το 1932 από τον πρόεδρο της τότε προσφυγικής κοινότητας Μιχάλη Ελευθεριάδη, τον γιατρό Μιχάλη Βελισσάριο, τον Δημήτρη Σκουρέλλο, τον Απόστολο Μουζουράκη και άλλους Αλικαρνασσιώτες πρόσφυγες. Τον Νοέμβριο του 1932 αναγνωρίστηκε από το Πρωτοδικείο Ηρακλείου και το Δεκέμβριο του 1932 αναγνωρίστηκε από την Ε.Π.Σ. Ηρακλείου και έγινε επίσημο μέλος της. Λειτουργούσε υποτονικά και κατά την περίοδο της Γερμανικής κατοχής, ενώ επανήλθε σε πλήρη δραστηριότητα το 1948.
