Προστάτης Άγιος του Κουφονησίου είναι ο Άγιος Γεώργιος.
Η Εκκλησία του Αγίου Γεωργίου κτίστηκε το 1870.
Τεχνίτες από την Σαντορίνη ανέλαβαν την ανέγερση του Ναού. Για το επίχρισμα χρησιμοποίησαν θηραϊκή γη, υλικό που δημιουργεί ιδιαίτερα σκληρή επιφάνια.
Αρχαία μάρμαρα και κίονες, βυζαντινού ναού, που βρέθηκαν στην περιοχή του νεκροταφείου χρησιμοποιήθηκαν στην αυλή και στην είσοδο της αυλής του Ναού.
Το 1890 κατασκευάστηκε το τέμπλο και τοποθετήθηκε η εικόνα του Αγίου Γεωργίου. Η εικόνα φέρει υπογραφές 6 πειρατών λαθρέμπορων οι οποίοι είχαν βοηθήσει οικονομικά στην ανέγερση του Ναού. Τοποθετήθηκαν επίσης παλαιές εικόνες του Αγίου Ιωάννη και Αγίου Νικολάου.
Agios Georgios
Η ημέρα που η ορθόδοξη εκκλησία αφιερώνει στον Αγ. Γεώργιο είναι η 23η Απριλίου, εκτός αν βρίσκεται εντός της Σαρακοστής, που ως γνωστών δεν γιορτάζονται άγιοι αυτή την περίοδο, οπότε η ημέρα μεταφέρεται την επομένη του Πάσχα.
Την ημέρα του Αγίου Γεωργίου πριν το τέλος της λειτουργίας γινόταν λιτανεία της εικόνας του. Πιστοί και ιερείς συνόδευαν την εικόνα έως την άκρη του χωριού, ψάλλοντας και δοξολογώντας για να αγιαστεί το χωριό.
Μετά το τέλος της λειτουργίας ένας εθελοντής, προς τιμή του Αγίου, αναλάμβανε να παραθέσει γεύμα σε όλους τους παρευρισκόμενους του νησιού. Οι παρευρισκόμενου ήταν συνήθως εκατοντάδες. Η προμήθεια των υλικών και η παρασκευή του γεύματος ξεκίναγε μέρες πριν με την βοήθεια πολλών εθελοντών. Εθελοντές βοηθούσαν στην προπαρασκευή, στο μαγείρεμα, στο σερβίρισμα και τέλος στην καθαριότητα του χώρου. Το γεύμα περιείχε κατσίκι κοκκινιστό με μακαρόνια, πατσά, σαλάτα, κρασί και αναψυκτικά. Το μαγείρεμα γινόταν με ξύλα, σε έναν διαμορφωμένο χώρο, δίπλα στην εκκλησία, το Μαγγιπειό, από την βυζαντινή λέξη ‘Μάγγιπος’ που σημαίνει ‘Αρτοποιός – Μάγειρας’. Το σερβίρισμα σε έναν διαμορφωμένο χώρο πίσω από την εκκλησία, σε μακρόστενα τραπέζια όπου καθόντουσαν όλοι οι παραβρισκόμενοι μαζί.
Στο τέλος του γεύματος, αναλάμβανε ο επόμενος πιστός για την οργάνωση του γεύματος της επόμενης χρονιάς.
Το έθιμο διατηρήθηκε μέχρι τις μέρες μας, με ελάχιστες τροποποιήσεις.
Agios Georgios
Την περίοδο 1940 – 44 τα Κουφονήσια ήταν υπό Ιταλικής διοίκησης με έδρα την Αμοργό.
Παρά του ότι οι Ιταλοί, για να τροφοδοτήσουν το στράτευμά τους, είχαν επιτάξει την παραγωγή των γεωργών και κτηνοτρόφων, επέτρεπαν στους Κουφονησιώτες να προμηθεύονται ότι χρειάζονται για το γεύμα του Αγίου Γεωργίου.
Την Παρασκευή 1η Οκτωβρίου 1970 και ώρα 14:00 αποβιβάζεται στο μόλο στην περιοχή Σπηλιά, ο νέος εφημέριος του ναού Πάτερ Ευστάθιος Ελευθερίου ή παπά Στάθης, ο άνθρωπος που για 36 συνεχή χρόνια θα αγωνιστεί για την συντήρηση και βελτίωση των ναών.
Agiou Georgiou
Το 1973, έπειτα από σημαντική αύξηση των πιστών που θέλουν να αναλάβουν το γεύμα του Αγίου Γεωργίου, αποφασίζεται από κοινού στο τέλος του γεύματος, να γίνετε κλήρωση με συμμετοχή εθελοντών, για να αναδειχτεί ο Πανυγηράς, που θα αναλάβει την οργάνωση του γεύματος της επόμενης χρονιάς. Δεν θα επιτρεπόταν να συμμετέχει στην κλήρωση ο Πανυγηράς της προηγούμενης χρονιάς, δίνοντας έτσι την ευκαιρία και στους άλλους. Ένας δεύτερος κλήρος θα όριζε τον αντικαταστάτη, για την περίπτωση φυσικής αδυναμίας του πρώτου.
Το γεύμα διαμορφώνετε σε μοσχάρι κοκκινιστό, πατάτες τηγανιτές, πατσάς, κεφτέδες, τυρί, σαλάτα, αναψυκτικά, κρασί και μπύρες. Το μαγείρεμα του κοκκινιστού και του πατσά γίνεται σε ξύλα όπως παλαιότερα και έτσι παραμένει ως σήμερα, οι τηγανιτές πατάτες σε ηλεκτρικές φριτέζες.
Agiou Georgiou
Το 1975 αποφασίζεται νέα πορεία της λιτανείας της εικόνας του Αγίου Γεωργίου.
Η λιτανεία από την εκκλησία θα περνάει από την περιοχή λουτρό, όπου θα έχουν την δυνατότητα να την συνοδεύουν και τα ψαροκάικα του νησιού. Θα συνεχίζει ως το λιμάνι όπου θα γίνετε αγίασμα και περιφερειακά του χωριού θα καταλήγει στην εκκλησία, όπου δύο πιστοί θα κρατούν την εικόνα ψηλά για να περάσουν οι παραβρισκόμενοι από κάτω ζητώντας την ευλογία του Αγίου.
Το 1980 γίνετε ανακαίνιση της εκκλησίας και της αυλής.
Την ανακαίνιση αναλαμβάνει ο Αμοργιανός αρχιτέκτονας, ειδικός στα παραδοσιακά κτήρια, Στέφανος Νομικός, μαστόροι ήταν ο Γιάννης Σκαρλάτος και τα αδέρφια του.
Εσωτερικά και εξωτερικά αφαιρέθηκε το παλιό και τοποθετήθηκε νέο επίχρισμα.
Η οροφή του μαγειρείου της εκκλησίας (Μαγγιπειό), που ήταν φτιαγμένη με κονταρίδες και πηλόχωμα, αφαιρέθηκε και τοποθετήθηκε νέα από οπλισμένο σκυρόδεμα.
Κατόπιν δωρεάς της Μαρίας Πρασίνου Ψαρρού, επεκτάθηκε ο χώρος του εστιατορίου, δημιουργήθηκε χώρος γραφείου για τις διοικητικές ανάγκες, και κτίστηκαν δημόσιες τουαλέτες, για τις ανάγκες των προσκυνητών.
Το 1997 γίνετε ανάπλαση των τοιχογραφιών. Το έργο θα ολοκληρωθεί την επόμενη χρονιά 1998.