Ιδρύθηκε στα τέλη του 11ου αιώνα, όπως μας πληροφορεί η κτητορική της επιγραφή, χαραγμένη στο αρχικό μαρμάρινο τέμπλο του καθολικού, μέλη του οποίου σώζονται στην αυλή της μονής. Η επιγραφή αυτή αναφέρει τη χρονολογία 1079 και το όνομα Γεώργιος, τον τεχνίτη του γλυπτού. Επίσης, μας πληροφορεί ότι η εκκλησία ήταν αφιερωμένη στη Θεοτόκο και ότι κτήτορές της ήταν ο μοναχός Νίκωνας και ο Θαλούσης Κουσκουνάρης, από το χωριό Κουσκούνι.
Ο ναός ανοικοδομήθηκε και διακοσμήθηκε τον 14ο αιώνα, όπως φαίνεται στη δεύτερη, γραπτή επιγραφή, που σώζεται στην αψίδα του ιερού. Οι εργασίες έγιναν με τη βοήθεια κληρικών επί αρχιερατείας του κυρ Νικολάου, τα έτη 1322-1323, κατά την περίοδο της συμβασιλείας των αυτοκρατόρων Ανδρόνικου Β΄ Παλαιολόγου, Ανδρόνικου Γ΄ Παλαιολόγου και της συζύγου του, Ειρήνης. Τότε ο ναός αφιερώθηκε στην Παναγία Φανερωμένη, αφιέρωση που συνδέθηκε με τη θαυματουργή εικόνα της Παναγίας της Κυζίκου (Αρτάκη), η λατρεία της οποίας γνώρισε μεγάλη διάδοση στην εποχή των Παλαιολόγων.