Κοντά στο χωριό Τρυπητή, σε μια απότομη πλαγιά, βρίσκονται οι Kατακόμβες της Mήλου. Τόπος συγκέντρωσης των πρώτων Xριστιανών, για την τέλεση των θρησκευτικών τους καθηκόντων και την ταφή των νεκρών τους. Είναι μοναδικές σε μέγεθος στον ελλαδικό χώρο και από τις πιο αξιόλογες, μαζί με αυτές της Pώμης και των Aγίων Tόπων, σε παγκόσμιο επίπεδο.
Ανακαλύφθηκαν από αρχαιοκάπηλους και έγιναν γνωστές μετά τη σύλησή τους, το 1840. Είναι τρεις τον αριθμό, και μαζί με πέντε διαδρόμους και ένα νεκρικό θάλαμο αποτελούν ένα δαιδαλώδες σύστημα συνολικού μήκους 185 μέτρων. Είχαν εισόδους στο εξωτερικό, αλλά σήμερα λειτουργεί μόνο αυτή της δεύτερης κατακόμβης ή των «Πρεσβυτέρων», απ’ όπου μπορεί να εισέλθει ο επισκέπτης. Στο εσωτερικό των κατακομβών, δεξιά και αριστερά επάνω στους τοίχους, υπάρχουν τα «αρκοσόλια» (σκαμμένες αψίδες). Μέσα σ’ αυτά, καθώς και στο πάτωμα, ανοίγονταν οι τάφοι. Σήμερα σώζονται 126 αρκοσόλια. Υπολογίζεται ότι εδώ έχουν ταφεί χιλιάδες νεκροί.
Στους τάφους των πιο διακεκριμένων προσώπων ζωγράφιζαν χριστιανικά σύμβολα ή χάραζαν επιγραφές. Μια τέτοια επιγραφή υπάρχει στη δεύτερη κατακόμβη και είναι η επιγραφή των «Πρεσβυτέρων», απ’ όπου και το όνομά της. Στην ίδια κατακόμβη υπάρχει ένας τάφος σκαμμένος στο βράχο υπό μορφή σαρκοφάγου. Μάλλον εδώ είχε ενταφιαστεί ένας από τους πρώτους χριστιανούς μάρτυρες και οι πρώτοι χριστιανοί τον χρησιμοποιούσαν ως Aγία Tράπεζα στις λειτουργίες τους. Η δραστηριότητα στις κατακόμβες σταματά λίγο μετά τη θεσμοθέτηση της ανεξιθρησκίας (διάταγμα Mεδιολάνων), και μέχρι να καταστραφεί και να εγκαταλειφθεί η αρχαία πόλη του Kλήματος από σεισμούς τον 5ο ή 6ο αιώνα μ.X.