Η Κεφαλονιά είναι γνωστή για τα μυστήριά της, όπως το θαλασσινό νερό που εξαφανίζεται στις Καταβόθρες και το μυστικιστικό σπήλαιο της Μελισσάνης. Οι Καταβόθρες είναι ένα από τα πιο δημοφιλή αξιοθέατα στο νησί, αφού το νερό εξαφανίζεται από τις ρωγμές κοντά στην ακτή. Για χρόνια οι επιστήμονες δεν μπορούσαν να εξηγήσουν το φαινόμενο και δεν ήξεραν πού πήγαινε το νερό. Τελικά, έκαναν ένα πείραμα χρησιμοποιώντας μια χρωματιστή χημική ουσία την οποία έβαλαν στο νερό από τις Καταβόθρες. Ανακάλυψαν ότι το νερό διέσχισε υπογείως ολόκληρο το νότιο τμήμα του νησιού, σχηματίζοντας τρύπες στα ασβεστολιθικά πετρώματα του εδάφους, και κατέληξε στο σπήλαιο της Μελισσάνης.
Το σπήλαιο αυτό βρίσκεται στη Σάμη, στην ανατολική ακτή του νησιού και στο εσωτερικό του βρίσκεται μια γαλάζια λίμνη. Από τότε που η οροφή του σπηλαίου κατέρρευσε και οι αχτίδες του ήλιου άγγιξαν την επιφάνεια της λίμνης, η αντανάκλαση του νερού στα τοιχώματα του σπηλαίου δημιουργεί μια μυστικιστική ατμόσφαιρα, ειδικότερα τις μεσημεριανές ώρες. Τα αρχαία ερείπια που ανακαλύφθηκαν απέδειξαν ότι το σπήλαιο ήταν ιερός τόπος αφιερωμένος στο θεό Πάνα και απλώς ενίσχυσαν το μυστήριο. Σύμφωνα με το μύθο, η Μελισσάνθη ήταν νύμφη η οποία αυτοκτόνησε στη λίμνη επειδή ο θεός Πάνας απέρριψε τον έρωτά της. Άλλοι λένε ότι η Μελισσάνθη ήταν μια κοπέλα από την περιοχή που πνίγηκε όταν έχασε ένα από τα πρόβατά της και καταλάθος έπεσε στη λίμνη προσπαθώντας να το βρει.