Στην ιστορία της σύγχρονης Ελλάδας, η Γυάρος συνδέθηκε με εποχές πολιτικής καταπίεσης. Το 1947 κατασκευάστηκε και η φυλακή της Γυάρου,[6] η οποία με υπουργική απόφαση του 2001 χαρακτηρίστηκε διατηρητέο μνημείο.[7] Το 1947 ξεκίνησαν οι πρώτες οικοδομικές εργασίες στο νησί που περιελάμβαναν εκβραχισμούς και διαμορφώσεις του εδάφους, διάνοιξη δρόμων, κτίσιμο ειδικών κτιρίων φυλακών, αποθηκών, κατοικιών φυλάκων, πυροβολείων, κ.α. Όλες οι εργασίες έγιναν από τους εξόριστους φυλακισμένους. Σε πέντε όρμους του νησιού δημιουργήθηκαν στρατόπεδα συγκέντρωσης. Στον πρώτο όρμο, το 1950 βρισκόταν 5.500 κρατούμενοι, στον δεύτερο 1.500, στον τρίτο 990, στον τέταρτο 2.000 και στον πέμπτο 300 κρατούμενοι. Εκτός από τους πολιτικούς κρατούμενους, οι Μάρτυρες του Ιεχωβά εξέτισαν ποινές εξορίας στη φυλακή της Γυάρου ως χριστιανοί αντιρρησίες συνείδησης. Η χρήση του ως τόπου εξορίας και φυλάκισης έγινε κυρίως στα διαστήματα 1947-1952, 1955-1961 και 1967-1974 κατά τη Στρατιωτική δικτατορία στην Ελλάδα.
Κατά τη διάρκεια της δικτατορίας (1967-1974) χιλιάδες αντιφρονούντες εξορίστηκαν και πάλι στη Γυάρο. Για πρώτη φορά ανάμεσά τους βρίσκονταν και γυναίκες, ακόμη και εγκυμονούσες.
Το 1967, λίγο μετά την εγκαθίδρυση της δικτατορίας, ρεπόρτερ του γερμανικού περιοδικού Stern πέταξαν πάνω από τη Γυάρο, τράβηξαν φωτογραφίες και τις έστειλαν στην Ευρώπη. Το ίδιο επανέλαβαν λίγους μήνες μετά δημοσιογράφοι του γαλλικού περιοδικού Paris-Match.
Το καθεστώς των συνταγματαρχών δεν μπορούσε πλέον να αντικρούσει την αλήθεια. Το αποδεικτικό υλικό από τη Γυάρο συνέβαλε στον μετέπειτα αποκλεισμό της δικτατορικής Ελλάδας από το Συμβούλιο της Ευρώπης λόγω καταπάτησης των ανθρωπίνων δικαιωμάτων. [8]