Ο ναός της Αφαίας είναι ένας από τους πιο όμορφους κλασικούς ναούς της Ελλάδας και μάλιστα από τους αρχαιότερους που έχουν διασωθεί. Βρίσκεται στην κορυφή ενός πευκόφυτου λόφου πάνω από την Αγία Μαρίνα, σε σημείο με εξαιρετική θέα. Ο πρώτος ναός (700 π.Χ.) είναι αφιερωμένος στην Αφαία, θεότητα από την Κρήτη. Ο Δωρικός ναός, που βλέπουμε σήμερα, χτίστηκε περί το 490 π.Χ. από ντόπιο πωρόλιθο και αποτέλεσε μοντέλο για την κατασκευή του Παρθενώνα και άλλων ναών στην Ελλάδα, την Ασία και τη Νότια Ιταλία. Όταν η ατμόσφαιρα είναι καθαρή μπορεί κανείς να δει από εδώ το Ναό του Ποσειδώνα στο Σούνιο και την Ακρόπολη των Αθηνών. Λένε ότι οι τρεις ναοί σχηματίζουν ένα ισοσκελές τρίγωνο (το ιερό τρίγωνο της αρχαιότητας).
Το 1811 ο Άγγλος Cockerell και ο Γερμανός von Haller-stein λεηλάτησαν τα γλυπτά των αετωμάτων και τα φυγάδευσαν στο εξωτερικό, όπου και πουλήθηκαν στο Λουδοβίκο Α΄ της Βαυαρίας. Σήμερα βρίσκονται στη Γλυπτοθήκη του Μονάχου.
Στον περιβάλλοντα χώρο του ναού βρίσκεται το μουσείο της Αφαίας όπου φυλάσσεται ό,τι έχει απομείνει από τον ναό. Από τα σημαντικότερα είναι: το αναστηλωμένο μέρος από το αέτωμα του ναού, το αντίγραφο της θεάς Αθηνάς και η αναθηματική πλάκα (560 π.Χ.) όπου αναγράφεται ότι ο ναός είναι αφιερωμένος στη θεά Αφαία.
