Η Παναγία Νεραντζίχα αποτελεί ένα μνημείο με ιδιαίτερη σημασία πάνω στο οποίο με χαρακτηριστική σαφήνεια είναι ορατές οι δύο εποχές, κλασική και βυζαντινή, που το δημιούργησαν.
Το κατώτερο τμήμα του είναι πύργος της οχύρωσης, το μοναδικό σωζόμενο και ορατό σήμερα τμήμα του τείχους της αρχαίας πόλης της Κέρκυρας και η κατασκευή του τοποθετείτε στους κλασικούς χρόνους (5ος αιώνας π.Χ.). Κατά τα βυζαντινά χρόνια ο πύργος μετασκευάστηκε σε μονόκλιτη βασιλική μικρών διαστάσεων με τρίπλευρη αψίδα ιερού και πλούσιο κεραμοπλαστικό διάκοσμο στην εξωτερική πλευρά της τοιχοποιίας, χαρακτηριστικό στοιχείο της βυζαντινής αρχιτεκτονικής του 11ου και 12ου αιώνα, περίοδο στην οποία τοποθετείται και η ίδρυση του ναού.
Στα μεσαβυζαντινά χρόνια (μετά το 1453), ο ναός επισκευάστηκε και προστέθηκε νάρθηκας στην νότια πλευρά του. Η κατάρρευση του κωδωνοστασίου, του δυτικού τοίχου αλλά και της αψίδας περί το 1900 έδωσε στο μνημείο τη σημερινή μορφή του.