Το σπήλαιο Κύκλωπα βρίσκεται στα Γιούρα, ακατοίκητη νησίδα βόρεια της Αλοννήσου, σε υψόμετρο 150 μ. στη νότια πλευρά του νησιού. Η είσοδός του που βλέπει προς τη θάλασσα είναι πλατιά και οδηγεί κατηφορικά σε ευρύχωρη αίθουσα διαστάσεων 40 x 50 μ. και ύψους 15 μ. περίπου. Στο κεντρικό τμήμα της υπάρχει πλούσιος διάκοσμος από σταλαγμίτες και σταλακτίτες.
Το σπήλαιο ανασκάφηκε μεταξύ 1992 – 1995 από την Εφορεία Παλαιοανθρωπολογίας – Σπηλαιολογίας. Από την έρευνα προέκυψαν στοιχεία εντατικής χρήσης κατά την προϊστορία, κυρίως στην είσοδο και λιγότερο στο εσωτερικό. Στους ιστορικούς και κυρίως τους ρωμαϊκούς χρόνους (1ος – 2ος αιώνας μ.Χ.) το σπήλαιο χρησιμοποιείται σαν ιερό όπως προκύπτει από πλούσια ευρήματα κεραμικής και κυρίως λύχνων σε όλους τους χώρους του.
Η προϊστορική χρήση του σπηλαίου Κύκλωπα ξεκινά από τη Μεσολιθική περίοδο (9η – 7η χιλιετία π.Χ.) και περιλαμβάνει δάπεδα, εστίες καθώς και υπολείμματα λίθινων και οστέινων εργαλείων και διατροφής σε επιχώσεις άνω των 3 μ. πάχους. Από τα ευρήματα προκύπτει πολύ πρώιμη γνώση της εξημέρωσης χοίρων και αιγοπροβάτων και ταυτόχρονα έντονος προσανατολισμός των χρηστών του σπηλαίου προς τα θαλάσσια αλιεύματα. Το τελευταίο επιβεβαιώνεται ιδιαίτερα από τα οστέινα αγκίστρια και την αφθονία οστεολογικών υπολειμμάτων ψαριών, τα μεγαλύτερα από τα οποία είναι τόνοι. Ενδεχομένως, το σπήλαιο χρησιμοποιούταν για την επεξεργασία και αποθήκευση των αλιευμάτων αυτών. Στην ίδια περίοδο τεκμηριώνεται στο σπήλαιο η παραγωγή μικρολιθικών εργαλείων από οψιανό Μήλου, που πιθανόν προορίζονταν ως αιχμές για κυνήγι πουλιών. Η επιλογή της πρώτης ύλης δείχνει τη σχέση του πληθυσμού των Σποράδων με δίκτυα ανταλλαγών με το νότιο Αιγαίο ήδη από την 9η χιλιετία π.Χ.
Ένα μεγάλο μέρος των ανώτερων επιχώσεων του σπηλαίου χρονολογείται στη Νεολιθική περίοδο, κυρίως στη Μέση και τη Νεότερη Νεολιθική (5.800 – 4.000 π.Χ.). Ιδιαίτερο ενδιαφέρον παρουσιάζουν τα αγγεία της πρώιμης Μέσης Νεολιθικής (περίπου 5.800 π.Χ.) λόγω της διακόσμησης που φέρουν από πυκνό ερυθρό πλέγμα – ίσως εμπνευσμένο από την υφαντική – τα διάκενα του οποίου βάφονται επιλεκτικά προκειμένου να παραστήσουν ζατρίκια, μαίανδρο, γωνίες, ρόμβους. Τα αγγεία βρέθηκαν συγκεντρωμένα κοντά σε νερό και ενδεχομένως συνδέονταν με ειδική χρήση του σπηλαίου. Στη Νεότερη Νεολιθική (5η χιλιετία π.Χ.) η χρήση του σπηλαίου συνδέεται περισσότερο με την κτηνοτροφία και το κυνήγι.
Το σπήλαιο δεν είναι επισκέψιμο για το ευρύ κοινό.