Η εκκλησία Άγιος Ιωάννης Χρυσόστομος βρίσκεται στα βόρεια του Κάστρου της Κιμώλου και χρησιμοποιήθηκε ως μητροπολιτικός ναός. Είναι ο μεγαλύτερος από τους μεταβυζαντινούς ναούς της Χώρας, χτισμένος το 17ο αιώνα. Η παράδοση λέει ότι χτίστηκε από κάποια γυναίκα με το όνομα «Χρυσή», πληροφορία που επιβεβαιώνεται και από δωρητήριο έγγραφο του 1793, από το οποίο προκύπτει, ότι ο ναός τότε ανήκε στη Χρυσή Ι. Γοζαδίνου. Αναφέρει ακόμα ότι αυτή κατέστρεψε την εικόνα του Χρυσόστομου, έργο των αρχών του 18ου αιώνα, χτυπώντας την με το τακούνι της, όταν ο ιερέας γιος της πνίγηκε, Σάββατο του Λαζάρου, επιστρέφοντας από την Πολύαιγο (νησί ανατολικά της Κιμώλου), όπου είχε πάει να λειτουργήσει. Είναι δίκλιτος με ισομήκη, αλλά άνισα κατά το πλάτος τους κλίτη, που χωρίζονται μεταξύ τους με τοξοστοιχία στηριζόμενη σε πεσσούς. Είναι χτισμένος με λαξευμένους ντόπιους πωρόλιθους και η κύρια είσοδός του διαμορφώνεται στη νότια πλευρά του, ενώ επάνω του υψώνεται δίλοβο καμπαναριό. Στην ίδια πλευρά διαμορφώνεται και ωραίο δίλοβο παράθυρο. Το τέμπλο του είναι ξυλόγλυπτο, άριστο δείγμα λαϊκής τέχνης, που καταλαμβάνει ως ενιαίο το πλάτος και των δύο κλιτών. Οι εικόνες του είναι έργα του 17ου και 18ου αιώνα και αρκετές σχετίζονται με την τέχνη του εργαστηρίου των κρητικών αγιογράφων Σκορδίληδων, που ήταν εγκατεστημένοι στη γειτονική Μήλο. Εικόνα του 17ου αιώνα που προέρχεται από το ναό, υψηλής τέχνης, με τον Άγιο Ιωάννη το Χρυσόστομο, την Ανακομιδή των λειψάνων του και τον αμπελώνα της χήρας, εκτίθεται στο Βυζαντινό Μουσείο (αρ. ευρετ. Χ.Α.Ε. 4806). Ο Άγιος Ιωάννης Χρυσόστομος θεωρείται μνημείο ιδιαίτερης αρχαιολογικής και ιστορικής αξίας και προστατεύεται από το Υπουργείο Πολιτισμού. Η μνήμη του τιμάται στις 13 Νοεμβρίου και τιμάται επίσης στο όνομα των Αγίων Νικολάου και Σώζοντος.
