Ο κηρυγμένος αρχαιολογικός χώρος των Αλαλκομενών Ιθάκης βρίσκεται στο λόφο του Αετού, στο στενό ισθμό που ενώνει τα δύο τμήματα του νησιού. Η θέση της πόλης είναι στρατηγικής σημασίας: βόρεια και νότια αυτής υπάρχουν δύο φυσικά λιμάνια, ενώ από την κορυφή του λόφου, όπου βρίσκεται και η ακρόπολη, ελέγχεται οπτικά το κανάλι μεταξύ Ιθάκης και Κεφαλονιάς, όπως και ο ορίζοντας μεταξύ Ιθάκης και Ακαρνανίας.
Η αρχαία πόλη στο λόφο του Αετού έγινε γνωστή ήδη από τις αρχές του 19ου αι., μέσα από τις περιγραφές των ξένων περιηγητών. Ο Ερρίκος Σλήμαν διεξήγαγε την πρώτη του ανασκαφή στον λόφο του Αετού. Ήδη από τις πρώτες αυτές έρευνες ήρθαν στο φως χάλκινα νομίσματα με την μορφή του Οδυσσέα και την επιγραφή ΙΘΑΚΩΝ.
Τα οικοδομικά λείψανα της πόλης είναι πολλά και καλύπτουν ολόκληρη την ανατολική πλαγιά του λόφου. Η πόλη περιβάλλεται από τείχη, τα οποία σε ορισμένα σημεία διατηρούνται σε εντυπωσιακό ύψος.
Στο διάσελο του λόφου, εκεί που σήμερα βρίσκεται ο επαρχιακός δρόμος, ανασκάφθηκε από την Βρετανική Αρχαιολογική Σχολή στη δεκαετία του 1930 ιερό, που ταυτίζεται με ιερό του Απόλλωνα. Τα ευρήματα ήταν πλούσια και χρονολογούνται από την Πρωτογεωμετρική (10ος αι. π.Χ.) μέχρι και την Ελληνιστική Εποχή (3ος αι. π.Χ. ? αρχές 2ου π.Χ. αι.).
Tα ευρήματα των ανασκαφών εκτίθενται στο Μουσείο Βαθέως.