Η Αρχαία Ελεύθερνα βρίσκεται 25χλμ νοτιοανατολικά της πόλης του Ρεθύμνου, κοντά στη Μονή Αρκαδίου. Η πόλη αποτελεί το σημαντικότερο αρχαιολογικό χώρο του νομού Ρεθύμνου, ο οποίος μάλιστα δεν έχει ανασκαφεί ακόμη πλήρως και αναμένεται στο σύνολό του να δώσει πολλά ακόμη πολύτιμα ευρήματα. Οι πρώτες οργανωμένες ανασκαφές ξεκίνησαν το 1985 από το Πανεπιστήμιο Κρήτης.
Η πόλη της Ελεύθερνας ιδρύθηκε από τους Δωριείς περίπου τον 9ο αιώνα π.Χ. και κατοικήθηκε ως και τα πρωτοβυζαντινά χρόνια. Στην πολύχρονη αυτή της πορεία φαίνεται ότι συνετέλεσε η στρατηγική της θέση σε υψόμετρο 380μ, στο σημείο που διασταυρώνονταν οι δρόμοι που ένωναν την αρχαία Κυδωνία, την Κνωσό και τον Ψηλορείτη. Τα ευρήματα ως τώρα έχουν βρεθεί σε τρία διαφορετικά σημεία του ίδιου λόφου.