Το Αρχαιολογικό Μουσείο της Νάξου είναι ένα μουσείο εξαιρετικού ενδιαφέροντος με ευρήματα που ψιθυρίζουν ιστορίες χιλιετιών.
Στεγάζεται από το 1973 σε ένα πενταόροφο παλιό αρχοντικό του Κάστρου της Χώρας, την άλλοτε Εμπορική Σχολή όπου φοίτησε για ένα χρόνο και ο Νίκος Καζαντζάκης.
Τα εκθέματά του προέρχονται από την Νάξο και τα γειτονικά νησιά Κέρο, Δονούσα και Κουφονήσια, ενώ χρονολογούνται από την νεότερη Νεολιθική Εποχή (4η χιλιετία π.Χ.) μέχρι τα Παλαιοχριστιανικά χρόνια (6ο αιώνας μ.Χ.)
Πέρα από τα περίφημα ειδώλια της πρωτοκυκλαδικής περιόδου που συγκρίνονται με εκείνα του Εθνικού Αρχαιολογικού Μουσείου, οι αρχαιολογικές συλλογές του περιλαμβάνουν επίσης αξιόλογα δείγματα κεραμικής της υστερομυκηναϊκής περιόδου, κτερίσματα από χρυσό, ασήμι και χαλκό, γυάλινα αντικείμενα της ρωμαϊκής περιόδου, γλυπτά, μέρη αγαλμάτων και σαρκοφάγων, ορειχάλκινα όπλα και εργαλεία κ.α.
Στην ατμοσφαιρική ταράτσα του, που βρίσκεται στο πίσω μέρος του κτηρίου, εντυπωσιάζει το ψηφιδωτό δάπεδο που απεικονίζει ημίγυμνη γυναικεία μορφή που ιππεύει θαλάσσιο τέρας.
Σε ξεχωριστό χώρο του ίδιου κτηρίου, στεγάζεται σήμερα και το Ιστορικό Αρχείο Νάξου.
Το 2011 και το 2012 το Αρχαιολογικό Μουσείου της Νάξου συμμετείχε και διοργάνωσε με επιτυχία εκπαιδευτικές δράσεις για παιδιά και ενήλικες με σκοπό να παρουσιάσει με ένα «φρέσκο» και διασκεδαστικό τρόπο τα μοναδικά Πρωτοκυκλαδικά ειδώλια της συλλογής του.