Η Πέλλα, μία μικρή πόλη στις ακτές του Θερμαϊκού κόλπου, αναδείχθηκε σε πρωτεύουσα του μακεδονικού κράτους στα τέλη του 5ου με αρχές του 4ου αι. π.Χ., αντικαθιστώντας τις Αιγές, και σύντομα εξελίχθηκε στο σημαντικότερο πολιτικό, οικονομικό και πολιτιστικό κέντρο όλης της Ελλάδας.
Κατά πάσα πιθανότητα η επιλογή της θέσης της νέας πρωτεύουσας έγινε από το βασιλιά Αρχέλαο ή από τον Αμύντα Γ΄ κυρίως για πολιτικούς και οικονομικούς λόγους.
Η περιοχή της αρχαίας Πέλλας διέθετε εύφορα εδάφη στην ενδοχώρα της και την περίοδο εκείνη ήταν παραθαλάσσια, γεγονός που παρείχε εύκολη πρόσβαση προς όλες τις κατευθύνσεις και εξυπηρετούσε τόσο την ανάπτυξη του εμπορίου όσο και την επεκτατική πολιτική των Μακεδόνων βασιλέων.
Η πόλη της Πέλλας εμφανίζεται πρώτη φορά στις αρχαίες πηγές στον Ηρόδοτο κατά την περιγραφή της εκστρατείας του Ξέρξη στην Ελλάδα, ενώ αργότερα αναφέρεται και από το Θουκυδίδη. Επιπλέον, όπως μαρτυρείται και από άλλους συγγραφείς, ο Αρχέλαος έδωσε μεγάλη έμφαση στη διοικητική και στρατιωτική οργάνωσή της, ενώ πολλοί επιφανείς ποιητές, όπως ο Ευριπίδης, ο Αγάθων, ο Χοιρίλος, και καλλιτέχνες, όπως ο γνωστός ζωγράφος Ζεύξις, ήλθαν από τη νότια Ελλάδα συμβάλλοντας στην πολιτιστική της άνθιση. Η πόλη οργανώθηκε και επεκτάθηκε στα χρόνια του Φιλίππου Β΄ και του Κασσάνδρου, ενώ εδώ γεννήθηκε και ο γιος του Φιλίππου Β΄, Αλέξανδρος ο Μέγας. Η μορφή αυτής της παλαιότερης πόλης των κλασικών χρόνων δεν είναι ακόμα πλήρως γνωστή, καθώς προς το παρόν έχει ανασκαφεί μόνο το νεκροταφείο της και λιγοστά αρχιτεκτονικά λείψανα στην περιοχή του σύγχρονου αρδευτικού καναλιού. Είναι βέβαιο, όμως, ότι στο τέλος της κλασικής εποχής η Πέλλα ήταν πλέον μία μεγαλούπολη με κανονική ρυμοτομία κατά το μοντέρνο σύστημα της περιόδου, το ιπποδάμειο, με μεγάλους κεντρικούς δρόμους και κάθετες οδούς. Ο Ξενοφώντας στο έργο του Ελληνικά την αναφέρει ως τη μεγαλύτερη πόλη της Μακεδονίας, άποψη που έρχεται σε αντίθεση με την αναφορά του Δημοσθένη, ότι ο Φίλιππος γεννήθηκε σε ένα μικρό και ασήμαντο χωριό, αν και γενικά αυτός ο χαρακτηρισμός θεωρείται από τους ερευνητές ρητορική έκφραση, άλλωστε είναι γνωστή η πολεμική που είχε αναπτύξει ο Δημοσθένης κατά της Μακεδονίας
Η Πέλλα γνώρισε μεγάλη ακμή κατά την ελληνιστική περίοδο, το β΄ μισό του 4ου, τον 3ο και τον 2ο αι. π.Χ. Από τα ευρήματα των ανασκαφών μπορούμε να παρακολουθήσουμε καθαρά τη μορφή της, αντλώντας στοιχεία για την οχυρωματική τέχνη, την πολεοδομία, την οικιστική, την ανακτορική, τη θρησκευτική και την ταφική αρχιτεκτονική, και την παραγωγική της δραστηριότητα. Η ελληνιστική πόλη της Πέλλας στήριξε την ανάπτυξή της στην καθιέρωσή της ως πρωτεύουσας του μακεδονικού κράτους αλλά και στην πλούσια εμπορική της κίνηση. Η μεγάλων διαστάσεων αγορά που διέθετε, με τα εργαστήρια παραγωγής και τα καταστήματα πώλησης προϊόντων κεραμικής, κοροπλαστικής, μεταλλικών αντικειμένων, αλλά και ειδών διατροφής, διοχέτευε τα είδη αυτά σε όλη τη Δυτική Μακεδονία και βορειότερα.
Το μνημειακό κτηριακό συγκρότημα του ανακτόρου αποδεικνύει, από την άλλη πλευρά, την πρόθεση των Μακεδόνων βασιλέων να δώσουν μια ξεχωριστή μορφή στην καινούργια πρωτεύουσά τους. Μνημειακή μορφή απέκτησαν και οι ιδιωτικές κατοικίες με δωρικά ή ιωνικά περιστύλια, οι οποίες πολλές φορές διέθεταν και δεύτερο όροφο. Ο πλούτος της πόλης και των κατοίκων της επιβεβαιώνεται από τα υψηλής τέχνης ψηφιδωτά δάπεδα και τη χρωματική διακόσμηση των τοίχων, η οποία αποτελεί σπάνιο δείγμα διατηρημένης ελληνικής ζωγραφικής του Α΄ πομπηιανού στυλ. Τα έργα αυτά φανερώνουν και την ύπαρξη οργανωμένων εργαστηρίων στη μακεδονική πρωτεύουσα, τα οποία έδιναν κατευθυντήριες γραμμές στην τέχνη της εποχής. Παράλληλα με τον ιδιωτικό βίο, έμφαση δόθηκε και στη θρησκευτική ζωή με τη δημιουργία σημαντικών ιερών, τα οποία διέθεταν και χώρους εργαστηρίων, γεγονός που μαρτυρεί οργανωμένη λατρεία σε κεντρικά σημεία της πόλης.
Το 168/167 π.Χ. η Πέλλα καταλήφθηκε από τους Ρωμαίους και κατά τον πρώτο διαχωρισμό της Μακεδονίας εντάχθηκε στην τρίτη μερίδα (regio). Με τη δημιουργία της ρωμαϊκής επαρχίας της Μακεδονίας από το 148 π.Χ. η έδρα του Ρωμαίου διοικητή μεταφέρθηκε στη Θεσσαλονίκη, οπότε η Πέλλα άρχισε σταδιακά να χάνει τη δύναμή της. Η καταστροφή της επήλθε μετά από σεισμό, πιθανόν στην πρώτη δεκαετία του 1ου αι. π.Χ. Μέχρι τότε είναι βέβαιο ότι στην πόλη υπήρχε έντονη παραγωγική και οικοδομική δραστηριότητα. Το 30 π.Χ. οργανώθηκε από τους Ρωμαίους η νέα Πέλλα, που μετατοπίσθηκε δυτικότερα, στο πλάτωμα που εκτείνεται βόρεια από τα λεγόμενα Λουτρά του Μ. Αλεξάνδρου, στη θέση της σύγχρονης Νέας Πέλλας.
Στους αιώνες που πέρασαν, οι προσχώσεις των ποταμών Λουδία, Αλιάκμονα και Αξιού αναδιαμόρφωσαν την περιοχή, έτσι ώστε σήμερα η αρχαία πόλη, μετά και την αποξήρανση της λίμνης των Γιαννιτσών, να απέχει 23 χιλ. από τις ακτές του Θερμαϊκού. Περιηγητές του 18ου και 19ου αιώνα περιέγραψαν τα ερείπια της Πέλλας και τα συνέδεσαν με τις γραπτές πηγές. Οι πρώτες ανασκαφές στην αρχαία πόλη έγιναν το διάστημα 1957-1964. Τότε αποκαλύφθηκαν οι οικίες με τα ψηφιδωτά δάπεδα και τμήμα του ανακτόρου, ενώ κατά τη δεύτερη περίοδο των ανασκαφών (1976 ως σήμερα) αποκαλύφθηκαν η αγορά, τμήμα του ανακτόρου, άλλες κατοικίες, τμήματα της οχύρωσης, ιερά και νεκροταφεία. Την περίοδο 1957-1964 πραγματοποιήθηκαν και οι βασικές αναστηλωτικές εργασίες (τοίχοι και ιωνικό περιστύλιο του σπιτιού με το ψηφιδωτό του Διονύσου), ενώ το 1976 αναστηλώθηκε ένας κίονας του περιστυλίου του σπιτιού με το ψηφιδωτό της αρπαγής της Ελένης. Το 1998 άρχισε η συντήρηση-αποκατάσταση των αρχιτεκτονικών λειψάνων της νότιας στοάς της αγοράς, που θα συνεχισθεί σταδιακά και σε άλλους ανασκαφικούς τομείς. Τα τελευταία χρόνια οι προσπάθειες επικεντρώνονται στη συντήρηση των αρχιτεκτονικών λειψάνων και στη συνολική ανάδειξη της Πέλλας και της ευρύτερης περιοχής της.