Η Πινακοθήκη Κυκλάδων στεγάζεται από το 1994 σε τέσσερις αποθήκες της νότιας πτέρυγας των Αποθηκών Διαμετακομίσεως στη βόρεια προβλήτα του Λιμανιού της Σύρου, στην Ερμούπολη.
Την Πινακοθήκη Κυκλάδων διαχειρίζεται το Πνευματικό Κέντροτου Δήμου. Στους ατμοσφαιρικούς χώρους της φιλοξενούνται περιοδικά εικαστικές εκθέσεις, ενώ παράλληλα λειτουργεί και το μικρό θέατρο της Πινακοθήκης, όπου φιλοξενούνται θεατρικές παραστάσεις και συναυλίες.Οι Αποθήκες Διαμετακόμισης στους χώρους των οποίων στεγάζεται η Πινακοθήκη Κυκλάδων, συγκαταλέγονται στα πρώτα κτίρια της Ερμούπολης. Χτίστηκαν στα 1834 – 1839 με κρατική δαπάνη σε σχέδια του Ερλάχερ. Εκτείνονται σε δύο πτέρυγες, μήκους 122 μέτρων, οι οποίες φιλοξενούσαν συνολικά 14 διαφορετικές αποθήκες. Τα πλοία πλεύριζαν το κτίριο από τη θάλασσα και ξεφόρτωναν απευθείας στη στεριά. Από το μεσοπόλεμο και μετά οι αποθήκες σταμάτησαν να λειτουργούν.
Το επιβλητικό κτίριο που δεσπόζει δίπλα στο συγκρότημα των αποθηκών και την Πινακοθήκη Κυκλάδων είναι το Τελωνείο, το οποίο συμπληρώνει την επιβλητική πρώτη εικόνα που συναντά κανείς φθάνοντας στο λιμάνι της Σύρου.