Στην Παροικία, πρωτεύουσα της Πάρου, σε μικρή απόσταση από το λιμάνι, βρίσκεται ο επιβλητικός ναός της Παναγίας της Εκατονταπυλιανής. Πρόκειται για έναν από τους σπουδαιότερους και καλύτερα διατηρημένους χριστιανικούς ναούς, του Ελλαδικού χώρου. Μέσα από τους θρύλους του Βυζαντίου ξεκινά η ιστορία της Εκατονταπυλιανής που πρέπει να οικοδομήθηκε τον 4ο αιώνα.
Η Αγία Ελένη, μητέρα του Μεγάλου Κωνσταντίνου, πηγαίνοντας στους Άγιους Τόπους με σκοπό να βρει τον Τίμιο Σταυρό, σταμάτησε με το πλοίο της στη Πάρο, όπου βρίσκει ένα μικρό ναό, από τους πρώτους της νέας θρησκείας. Προσεύχεται και κάνει ένα τάμα. Αν βρει τον Τίμιο Σταυρό να κτίσει στη θέση αυτή ένα μεγάλο ναό. Η προσευχή της εισακούστηκε, η Αγία Ελένη βρήκε τον Σταυρό και πραγματοποίησε την υπόσχεσή της Σύμφωνα με άλλη παράδοση, τον ναό οικοδόμησε ο Μ. Κωνσταντίνος με εντολή της μητέρας του η οποία δεν πρόλαβε να πραγματοποιήσει το τάμα της.
Η ονομασία του Ναού της Εκατονταπυλιανής ή Καταπολιανής, προέρχεται από τον όρο “καταπόλα” και σημαίνει “κατά την πόλη”, καθώς πιθανότατα “δείχνει” το σημείο όπου βρισκόταν η αρχαία πόλη της Πάρου. Η σημερινή, επίσημη ονομασία του Ναού είναι Εκατονταπυλιανή, που συνδέεται και αυτή με έναν θρύλο: “Ενενήντα εννέα φανερές πόρτες έχει η Καταπολιανή. Η 100η είναι κλειστή και δεν φαίνεται. Θα φανεί και θα ανοίξει, όταν οι Έλληνες πάρουν την Πόλη”… Σύμφωνα με την παράδοση τον Ιουστινιάνειο ναό της Εκατονταπυλιανής, έκτισε ο μαθητής του πρωτομάστορα που έκτισε την Αγία Σοφία της Κωνσταντινούπολης.
Κατά τις εποχές της Φραγκοκρατίας και της Τουρκοκρατίας δοκίμασε πολλές καταστροφές και λεηλασίες. Την μεγαλύτερη όμως καταστροφή, έπαθε ο ναός στους σεισμούς του 1773. Η μετέπειτα επισκευή παραμόρφωσε την αρχική επιβλητική μορφή του. Το 1959 άρχισε η αποκατάσταση της Εκατονταπυλιανής, η οποία σήμερα έχει την μορφή της εποχής του Ιουστινιανού, σταυρική βασιλική με τρούλο.
Τα γλυπτά που στολίζουν τον ναό, προέρχονται από τον αρχαίο ναό της Δήμητρας που βρισκόταν στο λιμάνι της Παροικιάς. Στη νότια πλευρά του μεγάλου ναού, βρίσκεται το βαπτιστήριο του 4ου αιώνα, το αρχαιότερο και καλύτερα διατηρημένο βαπτιστήριο σε όλη την ορθόδοξη ανατολή. Στο βαπτιστήριο υπάρχει η παλαιότερη τοιχογραφία από όσες βρέθηκαν στο νησί. Είναι του 11ου – 12ου αιώνα και εικονίζει τον Άγιο Γεώργιο. Στην Εκατονταπυλιανή στεγάζεται και το βυζαντινό μουσείο της Παροικιάς με σπάνιας τέχνης εικόνες, ξυλόγλυπτα και άλλα εκκλησιαστικά κειμήλια από την περίοδο του βυζαντίου και της Τουρκοκρατίας.
Η μεγαλύτερη γιορτή του νησιού είναι η γιορτή της Παναγίας, στις 15 Αυγούστου, οπότε ο θρησκευτικός εορτασμός συνοδεύεται από μεγάλο λαϊκό πανηγύρι.