Στην περιοχή του Προφήτη Ηλία υπήρχαν ίχνη εκκλησίας της πρωτοβυζαντινής περιόδου.
Την περίοδο 1940 – 45 οι κάτοικοι του Κουφονησίου συγκέντρωσαν χρήματα για την αναστύλωση του ναού. Τα χρήματα δεν ήταν αρκετά. Δύο κάτοικοι του νησιού ανέλαβαν να τα επενδύσουν στα Δωδεκάνησα ώστε να ολοκληρωθεί το ποσό. Τα ίχνη τους όμως χάθηκαν και έτσι το περιστατικό χαρακτηρίστηκε ως κακός οιωνός για αυτούς που θέλουν την αναστήλωση του ναού.
Το 1972 οι παπά Στάθης, Γιάννης Ρουμελιώτης και Καίτη Ιωάννου αδερφή του τότε αγροτικού ιατρού αναλαμβάνουν τον καθαρισμό της περιοχής. Στην προσπάθειά τους ανακαλύπτουν 2 κίονες και ένα κομμάτι μάρμαρο, βυζαντινής εκκλησίας. Η πρώτη τους σκέψη ήταν να τα χρησιμοποιήσουν για την υπό τύπων ανέγερση της Αγίας Τράπεζας.
Την επόμενη χρονιά 1973 στις συνεχιζόμενες εργασίες συντήρησης ξεθάβουν πέτρες του βυζαντινού ναού και δημιουργούν ένα τοιχίο όπου στηρίζουν την εικόνα του Προφήτη Ηλία και το καντήλι του.
Την ίδια χρονιά, το απόγευμα της ημέρας του Προφήτη Ηλία, 20 Ιουλίου, οι κάτοικοι του Κουφονησίου , πεζοπόροι, φθάνουν στον μισοφτιαγμένο ναό, όπου παρέθεσαν Εσπερινό και αρτοκλασία.
Το 1974 με απόφαση του πρωτοσύγκελου πάτερ Κορωνέλου, αναπληρωτή του μητροπολίτη Σαντορίνης Γαβριήλ, απαγορεύεται η λειτουργία στα ερείπια του προφήτη Ηλία, λόγω του ότι δεν είναι Ναός.
Σήμερα υπάρχουν τα ερείπια του ναού, με την εικόνα του προφήτη Ηλία, το καντήλι του, και την Αγία Τράπεζα εν λειτουργία με την φροντίδα των Πιστών.
Ανήμερα του Προφήτη Ηλία, 20 Ιουλίου, οι πιστοί συγκεντρώνονται στο εκκλησάκι, και παρατίθεται Εσπερινός. Προσφέρονται αναψυκτικά και νερό.
Το οικόπεδο όπου βρίσκεται το εκκλησάκι είναι ιδιωτικό, αλλά η είσοδος ελεύθερη.