Σύμφωνα με τον Πρωτοπρεσβύτερο Θωμά Λ. Συνοδινό «Οι αείμνηστοι πατέρες μας, κάτοικοι του μικρού αλλά και ιστορικού νησιού της Αμοργού, παρά την κατά καιρούς ένδειά τους, τα περιορισμένα υλικά και τα πενιχρά μέσα που διέθεταν, κατασκεύασαν ήδη από τα πρώτα χριστιανικά χρόνια αξιόλογες Βασιλικές, Ιερές Μονές και Εκκλησίες, αλλά και ταπεινούς Ευκτήριους Οίκους, αφήνοντάς μας μια παράδοση πλούσια και πολυδιάστατη….. Η Αμοργός είναι κατάμεστη από τέτοια έργα λατρείας του Θεού, έργα πίστεως και πολιτισμού όλων των εποχών, άλλα κατακείμενα σε ερείπια, όπως οι παλαιοχριστιανικές Βασιλικές, με αξιόλογα έργα γλυπτικής κατά χώραν, αλλά και άλλα που συνεχίζουν τη λειτουργία τους, αιώνες τώρα.»
Τον εκθεσιακό πυρήνα της Εκκλησιαστικής Συλλογής αποτελούν χριστιανικά κειμήλια μεγάλης ιστορικής και θρησκευτικής αξίας, τα οποία έχουν περισυλλεγεί στο πέρασμα των ετών στο νησί της Αμοργού, από ιερείς ή λαϊκούς, και διαφυλαχθεί για όλο αυτό το διάστημα, στον Ναό της Παναγίας της Επισκοπής, τη Μητρόπολη της Χώρας, όλα εξαιρετικά έργα αρχιτεκτονικής, γλυπτικής, εικονογραφίας, κεντητικής, μεταλλοτεχνίας, Παλαιοχριστιανικών, Βυζαντινών και Μεταβυζαντινών χρόνων. Δυστυχώς, πολλά ακόμη κειμήλια έχουν καταστραφεί ή χαθεί σε ιδιωτικές συλλογές.