Το Εκκλησιαστικό Μουσείο Ρεθύμνου λειτουργεί από το 1995, χάρη στη πίστη και στην αφοσίωση του πρωτοπρεσβύτερου του Ναού π. Χαράλαμπο Κ. Καμηλάκη.
Τα ιερά κειμήλια που βρίσκονται στο Μουσείο αποτελούν δημιουργήματα πίστης του λαού μας, όπως εικόνες, ιερά σκεύη, βιβλία.
Τα εκθέματά προέρχονται από τον Ιερό Μητροπολιτικό Ναό Εισοδίων της Θεοτόκου Ρεθύμνου. Εκθέτονται αντικείμενα που μαρτυρούν την ιστορία του πολιτισμού μας και της θρησκείας μας, από το 1816 μέχρι και το 1992.