Το Αγιοφάραγγο βρίσκεται νότια της Μονής Οδηγήτριας και δημιουργήθηκε από τις κοίτες δύο ρεμάτων που ξεκινούν το ένα βόρεια – βορειοανατολικά από το Γυαλομονόχωρο και το άλλο δυτικά από τα Πηγαϊδάκια. Τα δύο ρέματα συναντούνται κοντά στην Αγία Κυριακή και αφού ακολουθήσουν μια σχετικά ομαλή διαδρομή, το κοινό τους ρέμα εισέρχεται στο κυρίως φαράγγι, το Αγιοφάραγγο, και καταλήγει στο Νότιο Κρητικό Πέλαγος στη μαγευτική παραλία του Αγιοφάραγγου.
