H Παναγία είναι η μεγαλύτερη εκκλησία της Φολέγανδρου, αφιερωμένη στην Κοίμηση της Θεοτόκου.
Βρίσκεται σκαρφαλωμένη στο βράχο πάνω από τη Χώρα και είναι χτισμένη κατά πάσα πιθανότητα στη θέση αρχαίου ναού, οικοδομικό υλικό του οποίου χρησιμοποιήθηκε για την ανέγερσή της.
Στον αυλόγυρο και στο εσωτερικό του ναού θα δείτε αρχαίες επιγραφές, γλυπτά και βάσεις αγαλμάτων. Ο ναός υπήρξε καθολικό γυναικείας μονής. Υπάρχει μαρμάρινη επιγραφή του 1687 που αναφέρεται στην ανακαίνιση του ναού.
Η εκκλησία πήρε τη σημερινή μορφή της κατά την ανακατασκευή που ξεκίνησε το 1816 και τελείωσε το 1821.
Η εικόνα της Παναγίας που φυλάσσεται στην εκκλησία, συνδέεται με πειρατικές ιστορίες και θρύλους της Φολεγάνδρου. Σύμφωνα με το παλιό φολεγανδρίτικο έθιμο, το Πάσχα γίνεται περιφορά της εικόνας σε όλα τα σπίτια του νησιού.
Για να φτάσετε στην Παναγία, ακολουθήστε το μονοπάτι που ξεκινάει από την πλατεία της Πούντας (15′).