Η ακριβής χρονολόγηση της Μονής Χοζοβιωτίσσης, γνωστής και ως Νέα Μονή και Μονή των Σκαλών, όπως αναφέρεται στο Βραβείον του Μοναστηριού, παραμένει έως σήμερα προβληματική. Κτητορικό βιβλίο και γραπτή ιστορία της Μονής δεν έχουν έως σήμερα εντοπισθεί, ενώ οι εγγραφές στο κτηματολόγιο της Μονής ξεκινούν το 1834. Η παλαιότερη πηγή σχετικά με την ύπαρξη της Μονής είναι η δημοσίευση του Porcacchi το 1572. Στους αιώνες που θα ακολουθήσουν, η Μονή θα μνημονευθεί και από άλλους περιηγητές, όπως ο Piacenza το 1688 και ο Tournefort το 1717, ο οποίος κάνει εκτενή περιγραφή, αναφέροντας μάλιστα 100 καλόγερους.
Η ανέγερση του πρώτου κτηριακού πυρήνα, της μικρής βραχοσκέπαστης εκκλησίας με λίγα κελιά μέσα στα ρήγματα του βράχου, σήμερα Καθολικό της Μονής, ταυτίζεται με την άφιξη της εικόνας της Παναγίας Χοζοβιώτισσας, στην οποία η Μονή οφείλει το όνομά της. Το όνομα Χοζοβιώτισσα, προκύπτει από παραφθορά του Χοζιβίτισσα ή Κοζιβίτισσα, που προέρχεται από το τοπωνύμιο Χοζιβά ή Κοζιβά ή Χόζοβο ή Χόζοβα, των Αγίων Τόπων, όπως αποκαλείται ακόμη και σήμερα η περιοχή Wadi Qilt της Ιεριχούς, όπου ήδη από τους πρώτους Χριστιανικούς χρόνους υπήρχαν σημαντικά Ορθόδοξα Μοναστήρια. Από εκεί έφτασε η εικόνα της Παναγίας με θαυματουργό τρόπο στην Αμοργό, διά θαλάσσης, μέσω της Κύπρου, στον ορμίσκο της Αγίας Άννας, πλησίον της Μονής, την περίοδο της Εικονομαχίας (726-842), λόγω του διωγμού που υφίσταντο την περίοδο αυτή οι εικόνες και οι εικονολάτρες.
Αναφέρεται, δε, ότι η Παναγία μέσω οράματος υπέδειξε στους βοσκούς που βρήκαν την εικόνα της να κτίσουν το Μοναστήρι της εκεί όπου ήταν τοποθετημένη η σιδερένια σμίλη του αρχιμάστορα, η οποία βρέθηκε σφηνωμένη πάνω στους απόκρημνους βράχους τριακόσια μέτρα από την επιφάνεια της θάλασσας, θέση όπου σήμερα είναι χτισμένο το καμπαναριό, και όπου παρέμεινε έως το 1952, όταν έπεσε. Τότε θεωρήθηκε ότι ένα μεγάλο κακό θα συνέβαινε στο νησί και ως τέτοιο θεωρήθηκε μεγάλος σεισμός που έπληξε λίγο αργότερα την Αμοργό.
Το αρχικά μονόχωρο, καμαροσκέπαστο εκκλησάκι ανακατασκευάζεται επί των ημερών του Αυτοκράτορα του Βυζαντίου, Αλεξίου Α’ Κομνηνού, σύμφωνα με Χρυσόβουλο του 1088, το οποίο δεν σώζεται αλλά επιβεβαιώνεται από το Σιγίλλιο του Πατριάρχου Κωνσταντινουπόλεως Ιερεμίου Β’ του Τρανού, του 1583, σήμερα στην έκθεση κειμηλίων του Σκευοφυλακίου, και από σχετική αναφορά σε ασημένιο ενεπίγραφο εξαπτέρυγο, χρονολογούμενο το έτος 1682.
Το οκταώροφο κτήριο μήκους 40μ. και πλάτους όχι μεγαλύτερου των 5μ., έχει μόνο εξωτερικό τοίχο, ενώ οι παρειές του σπηλαιώδους κοιλώματος της πλευράς αυτής του όρους χρησιμοποιήθηκαν ως εσωτερικός τοίχος της Μονής. Εξαιτίας του μικρού πλάτους, τα οκτώ επίπεδα δεν συναντώνται σχεδόν σε κανένα σημείο. Στην εξωτερική όψη έχουν προστεθεί σε νεότερη εποχή προστατευτικές αντηρίδες (σκάρπες). Στη Μονή ο επισκέπτης εισέρχεται από θύρα που ανοίγεται στα ανατολικά και φέρει οξυκόρυφο τόξο από πάνω, που χρονολογείται την περίοδο της Ενετοκρατίας. Σύμφωνα με την περιγραφή του Μηλιαράκη, το 1883, η πρόσβαση στη θύρα εισόδου, που βρισκόταν στο μέσον, περίπου, του ύψους του κτηρίου, γινόταν με ξύλινη κλίμακα, η οποία, σε παλαιότερες, από τη δική του, εποχές, θα ήταν, πιθανότατα, κινητή, ώστε να ανασύρεται σε περιπτώσεις κινδύνου. Το οικοδόμημα περιτρέχει διάδρομος και κλίμακες, με καμάρες και τόξα οικοδομημένα με πωρόλιθους από τη Μήλο. Τα δάπεδα και οι ξυλοδεσιές είναι κατασκευασμένα από το τοπικό αγριοκυπάρισσο (φείδα). Τα μαρμάρινα, ανάγλυφα διακοσμημένα, περίθυρα μαρτυρούν ανακαινίσεις της εκκλησίας κατά τη διάρκεια του 17ου αιώνα.
Στο κτηριακό συγκρότημα, εκτός από τα πολυάριθμα κελιά και το Καθολικό, συμπεριλαμβάνονται η τράπεζα, τα μαγειριά, οι φούρνοι, οι αποθήκες (σοδιαστικά), το ωριό (ωρείον), οι χώροι για το ζύμωμα του ψωμιού και την αποθήκευση της ξυλείας (κλαδαριό), τα πατητήρια, οι ασβεστόλακκοι και οι γιστέρνες. Στο ανώτερο σημείο του συγκροτήματος βρίσκεται το Καθολικό με το κομψό καμπαναριό και την εντυπωσιακή πανοραμική θέα στο πέλαγος. Από ένα μεγάλο άνοιγμα ψηλά, διεκπεραιωνόταν και διεκπεραιώνεται η παραλαβή υλικών και εφοδίων με βίτζι.
Στο Καθολικό της Μονής, στο ξυλόγλυπτο τέμπλο, αριστερά της Ωραίας Πύλης βρίσκεται η δεσποτική εικόνα της Παναγίας Βρεφοκρατούσας της Χοζοβιώτισσας, ή Γλυκοφιλούσας, γνωστή και ως Μαυρομάτα, αλλά και ως Κτητόρισσα και Ταξιδιώτισσα (τέλη του 14ου αι.). Αποτελεί τη ζωντανή μαρτυρία της τοπικής προφορικής παράδοσης για την καταγωγή της εικόνας από το Χόζοβο της Παλαιστίνης. Πρόκειται για το Παλλάδιον της Μονής, που λιτανεύεται στο νησί κάθε χρόνο, όλη την Εβδομάδα της Διακαινησίμου. Έφερε ασημένιο κάλυμμα, πιθανώς του 17ου αι., με την επιγραφή «ΧΩΖΗΒΙΤΙCA ΜΡ (Μήτηρ) ΘΥ (Θεού)». Στο τέμπλο βρίσκονται ακόμα εικόνα του Χριστού, της Παναγίας Πορταΐτισσα, γνωστής και ως Θεοτοκιό ή Μικρή Παναγιά, που έφθασε εδώ από το Άγιον Όρος, και της Παναγίας Βρεφοκρατούσας της Σπυλιανής, γνωστής και ως Σαμιώτισσας, λόγω της προέλευσής της από το Μετόχι της Παναγίας Σπυλιανής στη Σάμο.
Βρίσκεται, επίσης, και η εικόνα του Αγίου Γεωργίου του Βαλσαμίτη (β΄ μισό 14ου αι.), από τον ομώνυμο ναό, Μετόχι της Μονής.
Τέλος, στο Καθολικό, ο προσκυνητής θα δει και τη σιδερένια σμίλη του αρχιμάστορα, ζωντανό σημάδι της διήγησης για την ακριβή θέση που όρισε η Παναγία να κτιστεί ο ναός της, καθώς και το ασημένιο ενεπίγραφο εξαπτέρυγο του 1682.
Στο Σκευοφυλάκιο της Μονής στεγάζεται και η Έκθεση Εκκλησιαστικών Κειμηλίων.