Το 1711 είναι το έτος ίδρυσης της Μονής, σύμφωνα με την κτητορική Επιστολή (6 Μαρτίου 1711), που υπογράφεται από τον επίσκοπο Θήρας Ζαχαρία Γύζη. Κτήτορες είναι οι αδελφοί Γαβριήλ και Ιωακείμ, γιοι του Αντωνίου Μπελώνια καί της Αικατερίνης Σιγάλα του Ιωάννη, από το χωριό Πύργος. Ιερομόναχοι και εφημέριοι στη γενέτειρά τους, αποτραβήχτηκαν και ίδρυσαν το μοναστήρι αξιοποιώντας οικογενειακά τους κτήματα. Εκεί υπήρχαν ήδη δύο εξωκκλήσια, αφιερωμένα στον Προφήτη Ηλία και στην Υπαπαντή του Κυρίου. Όπως προκύπτει από τα αφιερωματικά έγγραφα και τους τίτλους αγοραπωλησίας στο Αρχείο της Μονής, ο Προφήτης Ηλίας ανήκε αρχικά στον Κωνσταντίνο Πραγιώτη, αργότερα περιήλθε στον ιεροδιάκονο Παρθένιο Σιγάλα, συγγενή των κτητόρων, που ανοικοδόμησε το δεύτερο εξωκκλήσιο της Υπαπαντής. Τον χώρο αυτό ο Παρθένιος Σιγάλας παραχώρησε στους αδελφούς Γαβριήλ και Ιωακείμ. Σύμφωνα με την κτητορική Επιστολή του επισκόπου Ζαχαρία, οι αδελφοί Μπελώνια εξουσιοδοτήθηκαν «ἵνα ποιήσωσι Μονύδριον ἀνδρῶν, διὰ νὰ δουλεύσωσι τὸν Θεόν». Γι’ αυτό, γράφει ο επίσκοπος στη συνέχεια, «…παραδίδω αὐτὸν τὸν Ναὸν μετὰ τοῦ παρακκλησιδίου ὅπου ἔχει τῆς Παναγίας μας [῾Υπαπαντῆς] τοῦ εὐλαβεστάτου ἱερομονάχου κὺρ Γαβριὴλ Μπελώνια ὁμοῦ μετὰ τῶν κατὰ σάρκα ἀδελφῶν αὐτοῦ καὶ τῆς συνοδείας αὐτῶν, ἵνα ποιήσωσιν αὐτὸν ἀνδρῶν οἰκητήριον καὶ καταφύγιον πάντων τῶν χριστιανῶν…». Το κτητορικό γράμμα του αρχιεπισκόπου Ζαχαρία Γύζη βεβαιώνει με την υπογραφή του και ο Αγάπιος Γύζης, αντιπρόσωπος του Οικουμενικού Πατριαρχείου στην Σαντορίνη, έχοντας τον τίτλο του θεοφιλεστάτου αρχιεπισκόπου Σωτηρουπόλεως.
Για να καταστεί δυνατή η ανέγερση της Μονής ο Γαβριήλ και ο Ιωακείμ αναζήτησαν οικονομική βοήθεια, αλλά το αποτέλεσμα δεν ήταν ικανοποιητικό, λόγω της γενικότερης οικονομικής δυσχέρειας που επικρατούσε στον ελλαδικό χώρο την περίοδο αυτή. Η προσπάθεια για την εξεύρεση των απαραίτητων οικονομικών πόρων στράφηκε τότε προς την ακμάζουσα θηραϊκή παροικία της Κωνσταντινούπολης. Ο μοναχός Γαβριήλ ταξίδεψε προς την Πόλη, έχοντας μαζί του ειδικές συστατικές επιστολές από τον επίσκοπο Ζαχαρία Γύζη και άλλους προύχοντες Θηραίους, όπου βρήκε θετική ανταπόκριση. Παράλληλα μέριμνα του ιερομονάχου ήταν και η επικύρωση των σταυροπηγιακών και πατριαρχικών δικαίων της νεοϊδρυόμενης Ιεράς Μονής. Στην Κωνσταντινούπολη συναντήθηκε πρώτα με τον μέγα αρχιμανδρίτη Αζαρία, γιο του Νικολάου Σιγάλα, διδάσκαλο της Μεγάλης του Γένους Σχολής και ιεροκήρυκα του πατριαρχικού Ναού, ο οποίος μεσολάβησε στον πατριάρχη Κύριλλο Β’. Ο Πατριάρχης συνέταξε ειδικό πατριαρχικό Σιγίλλιο (Μάιος 1712), που παρέδωσε στον Γαβριήλ, σύμφωνα με το οποίο η Μονή κατοχυρώνεται ως Πατριαρχική και Σταυροπηγιακή. Τά σταυροπηγιακά δικαιώματα ανανεώθηκαν από τον Γρηγόριο Ε’, το 1798.
Από το έτος 1982 η Μονή είχε παραμείνει ουσιαστικά κλειστή με τη φυγή του τελευταίου εγκαταβιούντος μοναχού για το Άγιον Όρος. Παρέμεινε δε κλειστή μέχρι το 1997, όταν και εγκαταστάθηκε με τη βοήθεια του Θεού η νέα αδελφότητα. Πέραν των δυσκολιών, που το κλείσιμο της Μονής είχε φυσιολογικά δημιουργήσει, μέγιστο πρόβλημα αποτελούσε η εγκατάσταση στον προαύλιο χώρο της Μονής πολυάριθμων μεγάλων κεραιών τηλεπικοινωνίας και τηλεοπτικών σταθμών. Το όρος του Προφήτη Ηλία είχε καταστεί κεντρικός αναμεταδότης του Νοτίου Αιγαίου και η ακτινοβολία που εκπεμπόταν ήταν κατά πολύ μεγαλύτερη του επιτρεπτού ορίου.