Kατά τη διάρκεια των Pωμαϊκών και πρώτων μ.X. αιώνων, το νησί της Πάτμου συνδυάζεται με το Χριστιανισμό κατά τρόπο άρρηκτο και διαρκή. Ο αγαπημένος μαθητής του Ιησού Χριστού Iωάννης, εξορίζεται το 95 μ.μ. στην Πάτμο από τον αυτοκράτορα Δομητιανό και βρίσκει καταφύγιο σε Σπήλαιο που ευρίσκεται στη μέση του λόφου μεταξύ Σκάλας και Χώρας.
Εκεί με τη βοήθεια του μαθητή του Πρόχορου ο Ιωάννης έγραψε καθ υπαγόρευση του Θεού το θεόπνευστο βιβλίο Αποκάλυψη και ίσως το 4ο κατά Ιωάννη Ευαγγέλιο.
Το Σπήλαιο ανακαινίσθηκε από τον Όσιο Χριστόδουλο, όταν ήλθε στην Πάτμο.
Σήμερα ο προσκυνητής μπορεί να δει το σημείο που γράφτηκε η Αποκάλυψη, τον τόπο κατακλίσεως του Ιωάννη, τον πελώριο βράχο που σχίστηκε όταν ο Θεός του υπαγόρευσε την Αποκάλυψη, το σημείο στο οποίο ο Ευαγγελιστής ακουμπούσε το κεφάλι του για να ξεκουραστεί και ένα κοίλωμα στον βράχο από όπου πιανόταν για να σηκωθεί. Η μεγαλοπρέπεια του βράχου και ο μυστικισμός της ατμόσφαιρας, προκαλούν δέος.
Για τις ανάγκες της λατρείας των πιστών, από τον 17ο αιώνα το Σπήλαιο διαμορφώθηκε σε δισυπόστατο Ναό, όπου ένα μέρος του είναι αφιερωμένο στην Αγία Άννα.
Τo Ιερό Σπήλαιο εντάσσεται σε ενιαίο συγκρότημα κτισμάτων και εκκλησιών, που ονομάζεται Aποκάλυψη. Συγκροτείται από αποθήκες, κελιά, τα παρεκκλήσια της Αγ. Άννας, του Αγ. Αρτεμίου και του Αγ. Νικολάου και τα πρώτα κτίσματα της Πατμιάδας Σχολής, κοντά στα οποία ο τάφος ενός σπουδαίου διδασκάλου, του Δανιήλ Κεραμέως.
Όταν το 95 μ.χ. ο αγαπημένος μαθητής του Χριστού Ιωάννης, έφθασε στην Πάτμο εξόριστος, στο νησί ζούσε ο μάγος Κύνωψ ή Κένεψης. Kατοικούσε στο βουνό Γένουπας.Όταν ο Κύνωπας μαθαίνει ότι στο νησί ήλθε ο Ιωάννης, και κηρύττει το λόγο ενός καινούργιου θεού και ότι με το κήρυγμα του βαπτίζει όλο και περισσότερους Πάτμιους Χριστιανούς, εξοργίζεται και πήγε να δει από μόνος του τι συμβαίνει! Βρήκε τον Ιωάννη δίπλα στη θάλασσα, στην περιοχή Βότρυς, στην πόλη Φορά (σημερινή Περνέρα) την τότε πρωτεύουσα της Πάτμου, όπου είχε το βαπτιστήριο του!
Ο Κένεψης προκαλεί τον Ιωάννη μπροστά στους πιστούς, να αποδείξει την ύπαρξη του θεού, φέρνοντας στη ζωή τον πατέρα ενός Πατμίου που βρισκόταν εκεί!
Ο Ιωάννης αρνείται να το κάνει!
Ο Κύνωπας τότε βουτάει στη θάλασσα και επιδεικνύοντας την δύναμη της μαγείας του, φέρνει στην επιφάνεια ένα άνθρωπο με μια μορφή όμοια με αυτή του πατέρα του Πατμίου! Το πλήθος άρχισε να ζητωκραυγάζει υπέρ του Κύνωπα, και να στρέφεται κατά του Ιωάννη! Τότε ο Ιωάννης επικαλούμενος το όνομα του Χριστού και κάνοντας το σημείο του Σταυρού , μεταμορφώνει τον Κύνωπα σε πέτρα και τον αφήνει στον πάτο της θάλασσας.