Το Ιερό των Μεγάλων Θεών είναι ναϊκό συγκρότημα στη Σαμοθράκη έκτασης περίπου 50 στρεμμάτων, στο οποίο τελούνταν μυστηριακές τελετές, οι οποίες χρονολογούνται από τον 7ο αιώνα π.Χ., με τις θεότητες που λατρεύονταν να είναι διαφορετικές από αυτές των Ολύμπιων θεών του δωδεκάθεου και να σχετίζονται με τις χθόνιες θεότητες των Κάβειρων. Βρίσκονταν κοντά στην αρχαία πόλη της Σαμοθράκης –σημερινή Παλαιόπολη– και δέχονταν αποστολές πρεσβευτών από άλλες πόλεις-κράτη στον χώρο κατά τη διάρκεια των εορτών.
Υπήρξαν αρκετές διάσημες προσωπικότητες κατά την αρχαιότητα, οι οποίες συμμετείχαν στα μυστήρια αυτά, όπως ο ιστορικός Ηρόδοτος, ο Σπαρτιάτης ηγεμόνας Λύσανδρος και πολλοί Αθηναίοι, ενώ αναφορές στο ναϊκό συγκρότημα γίνονται από τον Πλάτωνα και τον Αριστοφάνη. Κατά την περίοδο της βασιλείας του Φιλίππου Β´ της Μακεδονίας και τη μετέπειτα ελληνιστική εποχή με τη βασιλεία του Μεγάλου Αλέξανδρου, ο ναός αποτέλεσε ιερό των Μακεδόνων και κατά την περίοδο των Διαδόχων του Μεγάλου Αλεξάνδρου το νησί αποτέλεσε σημείο σύγκρουσης ως προς την κυριότητα του.
Παρέμεινε σημαντική θρησκευτική τοποθεσία κατά τη ρωμαϊκή περίοδο, με τον αυτοκράτορα Αδριανό να το επισκέπτεται και τον συγγραφέα Μάρκο Τερέντιο Βάρρωνα να περιγράφει τα μυστήρια, πριν αρχίσει να περνά στην αφάνεια κατά την ύστερη αρχαιότητα. Η τοποθεσία είναι επίσης γνωστή ως ο τόπος όπου βρισκόταν αρχικά το άγαλμα της Νίκης της Σαμοθράκης.