Το πρώτο Μουσείο που θα αντικρίσετε φθάνοντας στην Απείρανθο είναι το Μουσείο Φυσικής Ιστορίας. «Το εισιτήριο κοστίζει 3 ευρώ», μας ενημερώνει άμεσα η ευγενική κυρία κάτοικος του χωριού, αλλά και ξεναγός μας στο Μουσείο. «Κι με αυτό το εισιτήριο μπορείτε να επισκεφτείτε και το Λαογραφικό αλλά και το Γεωλογικό Μουσείο». Μας λέει πολύ ευγενικά.
Το Μουσείο Φυσικής Ιστορίας είναι ουσιαστικά μία αίθουσα. Περιλαμβάνει όμως θαλάσσιες ανεμώνες, κοχύλια, όστρακα, κοράλλια, σκελετούς θαλάσσιων θηλαστικών, καθώς και ταξινομημένα δείγματα αποξηραμένων φυτών της περιοχής. Ανάμεσα στα εκθέματα ξεχωρίζουν οι σκελετοί φάλαινας φυσητήρα, μεσογειακής φώκιας και δελφινιών.