Στο μουσείο αυτό παρουσιάζεται η ναυτική ιστορία και παράδοση της Σαντορίνης. Ιδρύθηκε με πρωτοβουλία του πλοιάρχου Αντώνη Δακορώνια και στεγάζεται σε ένα αρχοντικό καπετανόσπιτο. Στους δύο ορόφους του μουσείου εκτίθενται εξαρτήματα ναυτιλιακού εξοπλισμού όπως εξάντες, πυξίδες κ.ά. και εργαλεία απ’ τα δύο καρνάγια του νησιού. Στο ισόγειο στεγάζεται και η βιβλιοθήκη με παλιά βιβλία καπεταναίων, χειρόγραφα, ημερολόγια πλοίων, ναυτικούς χάρτες, ναυλοσύμφωνα κ.ά. Στον πρώτο όροφο υπάρχουν στολές και πορτρέτα σαντορινιών πλοιάρχων, ομοιώματα πλοίων καθώς και φωτογραφική συλλογή από τη ναυτική ζωή του τόπου.
