Ο Άγιος Ισίδωρος βρίσκεται στο βορειοανατολικότερο σημείο της Κρήτης, 32 χλμ ανατολικά της Σητείας και 99 χλμ ανατολικά του Αγίου Νικολάου. Πιο συγκεκριμένα βρίσκεται στο βορειότερο σημείο του Ακρωτηρίου Σαμώνιο ή Κάβο Σίδερο, μέσα στην περιφέρεια της Ναυτικής Βάσης στο Κυριαμάδι. Η τριγύρω περιοχή χαρακτηρίζεται από ένα μοναδικό τοπίο άγριας φυσικής ομορφιάς με χαμηλή βλάστηση, το οποίο έχει σμιλεύσει η αλμύρα, ο μανιασμένος αέρας και η θάλασσα.
