Η ανασκαφική διερεύνηση του λουτρού, τα ερείπια του οποίου διατηρήθηκαν ορατά από την αρχαιότητα ως και την εποχή μας, διενεργήθηκε από την Αρχαιολογική Υπηρεσία τη διετία 2006 – 2007 και οδήγησε στην πλήρη του αποκάλυψη. Χαρακτηριστικό γνώρισμα του λουτρού της Σκαφιδιάς ήταν η πολυτέλεια που του προσέδιδαν ο εξαιρετικής ποιότητας ψηφιδωτός διάκοσμος των δαπέδων του σε συνδυασμό με τις ορθομαρμαρώσεις και τα χρώματα στους τοίχους.
Στα ψηφιδωτά δάπεδα η θεματολογία ποικίλλει, περιλαμβάνοντας πολύχρωμα φυτικά και γεωμετρικά μοτίβα, όπως τεμνόμενοι ρόμβοι εγγεγραμμένοι σε ορθογώνια με λευκό βάθος, ταινίες, κάνθαροι και βλαστόσπειρες από όπου εκφύονται φύλλα κισσού, ρόμβους και κύκλους. Σε ένα από τα μεγαλύτερα δωμάτια, στο κέντρο περίπου του συγκροτήματος, αποκαλύφθηκε σε αποσπασματική κατάσταση διατήρησης ψηφιδωτό δάπεδο όπου σε ζώνη πλησίον του τοίχου απεικονίζονται δελφίνια στη σειρά.