Το Σπήλαιο της Αγίας Σοφίας βρίσκεται 47χλμ νοτιοδυτικά της πόλης των Χανίων, στα δυτικά τοιχώματα του φαραγγιού των Τοπολίων, πάνω από τον κύριο δρόμο που οδηγεί στην περιοχή του Ελαφονησίου. Αριστερά από την είσοδο του σπηλαίου βρίσκεται το μικρό εκκλησάκι που είναι αφιερωμένο στην Αγία Σοφία. Η είσοδος του σπηλαίου έχει άνοιγμα 25μ, ενώ το ύψος του φτάνει τα 20μ, καθιστώντας το πραγματικά τεράστιο. Στο σπήλαιο υπάρχουν δύο αίθουσες με διαφορετικό ύψος, η επιφάνεια των οποίων είναι γεμάτη σταλακτίτες και σταλαγμίτες.
Το σπήλαιο είχε μεγάλη σπουδαιότητα κατά την αρχαιότητα. Έχουν εντοπιστεί όστρακα της νεολιθικής, κλασικής και ρωμαϊκής περιόδου. Επίσης, έχει βρεθεί ένα πήλινο ειδώλιο που χρονολογείται από τον 4ο αιώνα π.Χ., καθώς και κεραμικά νεολιθικών, πρωτομινωϊκών, υστερομινωϊκών, κλασικών, ελληνιστικών και ρωμαϊκών χρόνων.