Το Σπήλαιο της Μιλάτου, γνωστό κι ως Σπήλαιο Ραπά, βρίσκεται 3 χλμ βορειοανατολικά της Μιλάτου, σε υψόμετρο 155μ. Είναι γνωστό για την τραγωδία που διαδραματίστηκε το Φεβρουάριο του 1823, όταν ο Χασάν Πασάς, αφού κατάστρεψε και ερήμωσε το Οροπέδιο Λασιθίου, επέδραμε στην περιοχή του Μιραμπέλλου. Οι κάτοικοι, προβλέποντας την καταστροφική του μανία, κατέφυγαν σε διάφορα σπήλαια της περιοχής, ανάμεσά τους το σπήλαιο της Μιλάτου.
Ένας Οθωμανός από τη Βουλισμένη, ο Τερζαλής ή Ντερές, πρόδωσε τη θέση των Κρητικών και 5000 στρατιώτες υπό τον υποστράτηγο Χουσεΐν Βέη, κατέφθασαν στο σπήλαιο. Η πολιορκία άρχισε στις 3 Φεβρουαρίου. Οι πολιορκημένοι, εκτός από τους Οθωμανούς, είχαν να αντιμετωπίσουν τη δίψα, την πείνα και την οσμή από τα πτώματα των ηλικιωμένων που πέθαιναν. Λένε επίσης, ότι 40 παιδιά γεννήθηκαν στο σπήλαιο τις μέρες της πολιορκίας. Στην περιοχή έφτασαν 2500 Έλληνες, ωστόσο οι Οθωμανοί είχαν καταλάβει στρατηγικές θέσεις και ήταν κατά πολύ περισσότεροι.
Το εκκλησάκι προς τιμήν των πολιορκημένων της ΜιλάτουΣτις 15 Φεβρουαρίου, οι Οθωμανοί άναψαν φωτιά στην είσοδο του σπηλαίου, δημιουργήθηκε αποπνικτική ατμόσφαιρα και οι πολιορκημένοι αναγκάστηκαν σε έξοδο. Παρά τις αρχικές διαβεβαιώσεις του Χασάν Πασά ότι κανείς δε θα πάθει τίποτα, κατέσφαξαν 30 πολεμιστές. Με σχοινιά και αλυσίδες έδεναν όσους έπιαναν και τους οδηγούσαν στη Νεάπολη. Τις γυναίκες τις έδεναν μεταξύ τους με τις πλεξούδες τους και η πιο όμορφη δόθηκε σκλάβα στον Πασά.
Οι ηλικιωμένοι μεταφέρθηκαν στη θέση Γραμπέλλες, όπου το ιππικό πέρασε και τους ποδοπάτησε με τα άλογα. Τα κεφάλια τους τα έκοψαν και έστησαν με αυτά πυραμίδα, την οποία επεδείκνυαν ως τρόπαιο. Όλα τα βρέφη σφαγιάστηκαν και οι μανάδες τους πουλήθηκαν ως σκλάβες. Και οι 18 παπάδες που ήταν στο σπήλαιο σφαγιάστηκαν ή κάηκαν ζωντανοί, αφού πρώτα τους έκοψαν τα 3 δάκτυλα με τα οποία έκαναν το σταυρό τους.
Αυτό ήταν το τέλος του δράματος του σπηλαίου της Μιλάτου. Οι ιστορικοί υπολογίζουν τον αριθμό των πολιορκημένων σε 2000 –3700 άμαχους και 150 – 300 πολεμιστές. Άλλα δημοσιεύματα μιλούν για 5000 άτομα. Ωστόσο, οι αριθμοί αυτοί θεωρούνται υπερβολικοί, καθώς το σπήλαιο δεν μπορεί να χωρέσει τόσους ανθρώπους, αλλά ούτε κι ο πληθυσμός της περιοχής ήταν τόσος. Ωστόσο, ο πραγματικός αριθμός αυτός μπορεί να ξεπερνάει τους 1000, που ούτως ή άλλως αποτελεί μια ακόμη τραγική σελίδα στην ιστορία των Κρητικών Επαναστάσεων.
Σε ανάμνηση αυτής της θυσίας, το 1935, κτίστηκε το εκκλησάκι του Αποστόλου Θωμά και ένα οστεοφυλάκιο με λίγα από τα οστά των θυμάτων. Την Κυριακή του Θωμά τελείται τοπική εορτή και ψάλλεται επιμνημόσυνη δέηση στη μνήμη των νεκρών.
Εκτός από την ιστορική του σημασία, το σπήλαιο έχει και σπηλαιολογικό ενδιαφέρον. Αποτελείται από πολλές μικρές αίθουσες σε διαφορετικά επίπεδα. Μετά την εκκλησία το δάπεδο κατηφορίζει και στο τέλος γίνεται οριζόντιο. Σε όλες τις περιοχές του σπηλαίου υπάρχουν άφθονες σταλαγμιτικές κολώνες, μικρές και μεγάλες, πολύ θεαματικές, διατεταγμένες σε σειρές. Οι κολώνες χωρίζουν το σπήλαιο σε πολλούς θαλάμους.
Το συνολικό μήκος του σπηλαίου είναι 75μ. Η πρόσβαση είναι εύκολη σε όλο το σπήλαιο, σε μερικά σημεία ωστόσο θα πρέπει να σκύψετε. Η διαδρομή μετά την αξιοποίηση του σπηλαίου θα πλησιάζει τα 200μ.
Στο βάθος του σπηλαίου έχει εντοπιστεί φυσικός βωμός σε κοίλωμα και μπροστά από αυτόν βρέθηκαν αρχαίοι τάφοι και ανθρώπινα οστά, καθώς και άφθονα όστρακα, κομμάτια κυπέλλου, πιθανώς νεομινωϊκά, καθώς και ένα νεολιθικό όστρακο. Τα ευρήματα συνηγορούν στο συμπέρασμα ότι το σπήλαιο υπήρξε τόπος ταφών.
Πολύ σημαντικό επίσης είναι το σπήλαιο από βιολογικής πλευράς, καθώς συγκεντρώνει μεγάλους αριθμούς νυχτερίδων, ιδιαίτερα το χειμώνα. Η επίσκεψη στο σπήλαιο αυτή την περίοδο, θα πρέπει να γίνεται με ιδιαίτερη προσοχή και με όσο το δυνατόν λιγότερη όχληση των ζώων.