Η Βυζαντινή και Μεταβυζαντινή Συλλογή Χανίων στεγάζεται στο καθολικό της μονής του San Salvatore, μνημείο του 15ου αι. Μέσα από ψηφιδωτά, επιτύμβιες επιγραφές, τοιχογραφίες, εικόνες, αρχιτεκτονικά γλυπτά, έργα κεραμικής και μικροτεχνίας, καθώς και νομίσματα σκιαγραφείται η ιστορική και καλλιτεχνική φυσιογνωμία της Περιφερειακής Ενότητας Χανίων κατά τους βυζαντινούς και μεταβυζαντινούς χρόνους.